2000年4月15日，金融工程研究所（FEAM）项目负责人白大伟博士与上海研究院签约，成为中国科学技术大学上海研究院（USTC-SIAS）第一位从海外引进的正式签约教授。
2002年8月1日，中国科技大学上海研究生院一期工程正式开始。 2002年12月25日，学院董事会第一次召开，正式成立由学院筹建三方以及社会知名人士组成的学院董事会，并决定由朱清时校长兼任学院第一任院长。2002年12月26日，学院召开媒体见面会，向媒体及公众介绍中国科技大学上海研究生院的体制、机制及办学模式。
2003年4月、6月，学院分别召开两次董事会，审时度势，为学院未来发展制定战略、策略和实施步骤。中国科技大学上海研究生院更名中国科技大学上海研究院。确定学院先期筹备高等数理研究中心、金融工程研究所，并面向全球招聘中心项目负责人和骨干教授。2003年11月，学院一期工程竣工。
2004年4月14日，学院启动工作预备会议在上海召开。会议正式成立了由中国科大侯建国副校长牵头的学院工作班子，明确上海研究院的教授招聘、招生、项目基金申请正式纳入中国科大体系，标志着上海研究院各项工作进入实质性启动阶段。
2004年7月30日至31日，中国科学技术大学上海研究院在上海康桥举行隆重的开典仪式，庆祝上海研究院揭牌暨高等数理科学研究中心成立。诺贝尔物理学奖获得者G. `t hooft教授、弦论创始人之一John Schwarz教授、著名数论专家John Coates教授、中国科学技术大学朱清时校长及中国科学院戴元本、谷超豪等10位院士和上海市南汇区政府书记陈策、区长万大宁等区政府官员参加了开典仪式。G. `t hooft教授做中心开典的第一场学术报告。
2004年9月12日，中国科学技术大学上海研究院成立金融工程研究所。上海市委常委、组织部长姜斯宪，安徽省委常委、副省长田维谦到会并讲话，来自美国华尔街、新加坡、北京、上海等金融界、企业界、学术界的专家学者180余人参加了会议。
2005年5月，殷峥教授与中国科学技术大学上海研究院签订人事聘用关系协议，随后殷峥教授即回国来到上海研究院就职。
