魏晋南北朝的历史，是秦汉秩序瓦解的产物。它的起点，可以追溯到公元184年汉末的黄巾大起义。这次起义，是东汉末年乱局的开端，也是长期累积的社会矛盾的总爆发。
一方面，东汉末年皇权不振和宦官、外戚等“寄生势力”的野蛮生长，导致国家治理中枢腐朽不堪；另一方面，士族豪门持续扩张，形成了累世公卿和累世经学的权势垄断。特别是东汉豪族大量占田、隐匿户口，导致严重的贫富分化和社会不公，也是的国家直接控制的“编户民”不断流失。加上地方治理失效、频繁的水旱灾害，继而形成大规模的流民问题。
这一问题的不断累积，造成国家治理结构性失调和系统紊乱，最终激起民变。由此，引发了长期的军阀混战和地方割据，经济凋敝，人口锐减，百姓流离失所，整个社会陷入严重的无序状态。魏晋南北朝历史变局的第一块“多尼诺骨牌”，就这样倒下了。
西晋的建立，是司马氏及其亲附的世家大族互为依托、互相利用的结果。这次短暂的统一，可以看成东汉的“回光返照”。但东汉末期国家治理的深层次结构矛盾，一个也没有减少，且有不断加深的趋势。
一方面，为回报世族大姓和亲附势力，西晋王朝对曹魏以来推行的“九品中正制”加以改造，垄断选举制度，将官职品级别与世族门爵高低挂钩。同时，恢复世袭的五等爵制，并通过占田制等制度安排，承认世族大性在土地、奴婢占有方面的经济特权和既得利益。
由此，进一步强化皇族及名门望族中的权力垄断，使世族政治进一步固话，极大地助长了贪暴恣肆和奢侈风气，为门阀政治恶性演变开启了方便之门。
另一方面，吸收曹魏失权的教训，推行州郡解兵措施，裁撤郡国军队，同时大封同姓子弟为藩王，并鼓励藩王出镇领兵，以拱卫皇族，导致郡国守备薄弱，地方控制力下降。而诸侯藩王有领兵权，无形中为内争埋下了伏笔。
西晋统治者的政治短视，在王朝中枢权力安排方面也有体现。晋武帝司马炎指定的接班人晋惠帝，天生憨痴，无力治理朝政，晋惠帝的皇后贾南风有干政的野心，最后竟然勾结藩王夺权，引发宗室、外戚之间的内斗，酿成“八王之乱”。
“八王之乱”持续16年之久，宗室诸王互相杀伐，人民流离失所，经济社会遭到严重破坏。最终，诸王相继败亡，西晋国力也被严重透支，处于瓦解边缘。
西晋灭亡后，黄河中下游的北方地区为多个胡、汉割据政权控制。南方地区，经永嘉之乱后，琅琊王司马睿在南迁的中原世家大族的扶持下，定都建康，是为东晋元帝。
东晋时期，是世族政治的“繁荣期”。世族门阀地位优渥，在政治、经济上都拥有很大的特权。它们借用晋室的名义，占地封山、以致资财巨万、园宅广阔、奴僮数千。同时，垄断选举，以致形成“举贤不出世族，用法不及权贵”的局面。
为了维持门第的优越性，世族高门之间往往互为婚姻，且不与寒门子弟通婚，导致阶层封闭和固化。
等到东晋末年，起于寒门的士人子弟逐渐在军队及实务部门掌握实权。最终，握有兵权的刘裕即皇帝位，国号宋，东晋灭亡，由此开启南朝政局。
至于北方，西晋解体后，北方黄河流域陷入长期的环路安割据局面，涌入内地的匈奴、鲜卑、、羯 、氐 、羌 等胡族以及边地的汉人，建立了若干地方政权。等到五胡十六国结束，北魏统一之后，却又因为汉化，导致自身从内部的瓦解。
总之，魏晋南北朝的乱，是制度上的缺失，社会结构性的崩坏，以及胡人乘虚而入，导致了形成了更加复杂的社会文化问题，种种问题多而乱，始终无法解决。
魏晋南北朝是中国历史上政权更迭最频繁的时期。由于长期的封建割据和连绵不断的战争，使这一时期中国文化的发展受到特别严重的影响。其突出表现则是玄学的兴起、道教的勃兴及波斯、希腊文化的羼入。在从魏至隋的三百余年间，以及在三十余个大小王朝交替兴灭过程中，上述诸多新的文化因素互相影响，交相渗透的结果，使这一时期儒学的发展及孔子的形象和历史地位等问题也趋于复杂化。
