鱼饵虽含有很多蛋白，但仅有一部分能转变成鱼的组织。蛋白质中大部分的氮是以氨的形式经由鳃部与钠离子交换释出体外，少部分有机氮则在粪便中被释出。水中的微生物再将这氮源以及残饵中的氮转换成氨，使得氨的浓度增加更高。
带正电荷的氨阴离子并无毒性，但是在PH7以上时，钠离子逐渐转变成氨分子（氨气），而氨气是所有氨化合物中最毒的，其有毒之原因是因为氨分子属中性的静电，比氨离子更容易穿透生物膜而扩散。氨浓度过高是一件很令人讨厌的事，因为氨的氧化作用需要很多氧，万一过滤器或空气帮辅停止一段时间（譬如停电），那么鱼可能会因为缺乏高浓度的氧而死亡。氨的浓度可以换水的方法以及小心喂食的方法来控制，此外水中植物也能消耗氨而导致氨离子的减少，但这些方法还是无法很明显的降低氨离子的量。水中的氨在耗氧之下而转变成硝酸，此过程是生物的作用，也就是我们所知道的硝化作用。
如果一个水族箱的功能是正常的话，那么氧化作用进行的结果应该是不会有氨或者亚硝酸的积累，水族爱好者可籍由观察警报器得知氨浓度的上升，并得立即处理。
氧化还原电位：
本文中将讨论“有关缸中氮化合物的资讯”，以及探讨这些氮化合物包括：氨分子，离子氨，亚硝酸以及硝酸之间的关系。这些不同化学物质间的平衡状态是依据氧化还原电位而定，氧化还原电位值可显示氨氧化成亚硝酸然后再变成硝酸的程度。
缸水中还原物质（这些还原物质会消耗氧或者消耗其他的氧化物，譬如氯，过氧化氢等等）浓度较低者，有较高的氧化还原电位，也就是说水在处理时较有效率。良好的氧化还原电位值大约是250MV（淡水缸中），较高的氧化还原值表示水质的状况更卫生，水十分纯而且只含有非常少的有机化合物及营养盐，但这对于生物而言总是不太好。
高氧化还原电位的缺点是，虽然有利于硝化作用，但却抑制了水生植物的生长，因此生长较差的水草反而必须减少氧化还原电位才能改善成长。
低氧化还原电位的缺点是，易造成氨的积累，此时在狭幅的氧化还原电位下反而会形成亚硝酸。然而亚硝酸只是介于氨与硝酸之间的中间产物，而且亚硝酸的浓度远低于两者，但是亚硝酸对鱼的毒性却更甚之！！
这些氮化合物之间的相互转换是经由几种菌所完成，而这些自营性细菌即从这特殊的化学反应中获得他们成长所需的能源。
硝化菌（Nitrozomonas以及Nitrobactor)如前面所提的如果氧化过程（即所谓的硝化作用）是在高氧化还原电位时，此硝化过程的Nitrozomonas会将氨氧化成亚硝酸，然后再由Nitrobactor 把亚硝酸氧化成硝酸。在氨的氧化作用所释放之能量要多出许多。在过滤器开始运转的初期 Nitrozomonas 的成长比Nitrobactor要快得很多。但不管怎样，这两种菌的成长都还比不上缸中的代谢有机物质的碳氧化菌的快速成长，因此在碳氧化作用中会比的氮氧化作用中有更多的化学能被释放出来。然后缸中大部分的菌在适当的条件下大约每20几分钟会增加一倍，Nitrozomonas没分割一次需要2~3个小时，而Nitrobactor每分割一次则需要将近30小时，对于一个新设的缸子而言，过滤器刚开始运转的前几周是一个危险期，在这个时期所培育出的Nitrobactor菌数还不太够，因此在这段时期最容易发生亚硝酸中毒的危险。除此之外，亚硝酸浓度过高也会造成Nitrobactor代谢受阻。（另外还有几个因素也会造成Nitrobactor代谢受阻。譬如过强的光照，PH太低，重金属或者鱼药的存在）
近年来水族专家为了能监测亚硝酸并控制亚硝酸的问题，一组测试用的试剂（test kit)是绝对需要的，此外，在治疗期间应减少喂食。
在不利的低氧化还原电位下，也就是在厌氧的条件下，会发生一个成为脱氮作用的有趣过程，在这过程硝酸降解成氮分子（氮气）以及氧化氮（笑气），所以这降解的过程可以从水中祛除硝酸，在低溶氧条件时，这些降解硝酸的细菌利用物质之同化及异化作用并释出氮。
任何的脱氮作用必须在低溶氧浓度下才可以发生而且必须要存在容易代谢有机化合物适当的量作为还原剂。在脱氧过滤器中假使氧浓度太高，硝酸的降解过程会不完全，要不然就是根本没有作用，于是硝酸的浓度便继续增加。同样的如果没有足够的有机化合物的存在，硝酸也是没办法减少，因此硝酸也会增加。任何人若想加装并运转脱氮过滤器都必须考虑到这些因素。
水族箱中的亚硝酸：
在硝化作用失败时，做适当的换水会有多帮助，虽然如此对鱼是不会有什么影响，但是有件事情很显然的会发生，“一次完全的换水当然可以除去大部分有毒的亚硝酸，但部分亚硝酸菌（Nitrobactor)也会被除去，这是一个非常不好的状况，因为Nitrobactor所存在的数量有限，一旦亚硝酸浓度再升高时即会有中毒的危险。而大部分的水族同好又喜欢在硝化作用失败时优先使用大量换水的方法，使得亚硝酸菌更加减少”大量换水虽然可以使亚硝酸减少，但那只是暂时性的而已，亚硝酸会再迅速的增加，如果只以部分换水来取代全部换水的话，那么Nitrobactor的损失就会比较少，不过，如此氨或亚硝酸就不会减少很多，因此需要花更多更长的时间才能将亚硝酸变零。
而且暂时停止喂食或将鱼移开几天都不是很理想的解决方法，因为Nitrobactor菌群需要营养素来源，尤其是当缸子都没有放鱼时，因此停止喂食以及将鱼移走都无法把问题解决。
对于缸水中的亚硝酸而言一些可能的正确做法有：降低鱼的密度，增加过滤量，暂时降低喂食率，使用一个已经预先培养好的过滤器，将另一缸鱼已培养好的滤材放入过滤器中，取另一缸的底沙放入新缸中，从水族馆买消化菌接种。
在上述的方法中无论如何有些确能使亚硝酸减少，使用已预先培养好的滤材需要考虑到是否会带入病源或寄生虫的风险。
从以上叙述可以看出，欲“稀释”缸中的亚硝酸是如何的困难，实验证明，如果亚硝酸起初的浓度如果是1m/L,欲降低至起初约1/3的浓度需从200升的缸中移去180升的水，并以未含亚硝酸的水做替换，这相当于一次90%的换水！但是实际上的换水均需超过90%才能达到降至起初浓度1/3。。万一缸中的亚硝酸在几周之后仍持续高浓度，那么过滤器不是太小，无法培养出足够的硝化菌，就是鱼的放养密度太高，再不然就是喂食太密集。
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