广州市宅基地合作建房协议有效。
为了确保协议的合法性，协议必须经过合法的程序，并且必须符合相关的法律法规。下面我们将从几个方面进行详细解释。
首先，合作建房协议的有效性取决于协议的内容是否符合《中华人民共和国合同法》的相关规定。合作协议必须明确双方的权利和义务，以及合作的方式、期限、利润分配等重要条款。同时，双方必须在平等、自愿的基础上签署协议，不存在任何欺诈、胁迫等情况。
其次，宅基地合作建房还需要遵守国家和地方关于宅基地和房地产开发的相关法律法规。在广州市，宅基地的使用、转让和开发都有一定的规定，合作建房协议必须符合这些规定，否则将被视为无效。
为了确保合作建房协议的合法性，建议在签署协议前咨询专业的律师或法律机构，对协议进行全面的法律分析和评估。同时，双方也应该在签署协议后，及时到相关政府部门进行备案和登记，以确保协议的合法性和有效性。
综上所述，广州市宅基地合作建房协议有效，但必须符合相关的法律法规和规定。为了确保协议的合法性，建议在签署协议前咨询专业的法律人士，并进行全面的法律评估。