毒品案件不一定会没收犯罪分子的唯一一套住房，需要根据具体情况分析。如果该套住房是属于犯罪分子与其家属共同居住的，则一般不会没收；如果是犯罪分子个人居住的，会被没收。没收财产是没收犯罪分子个人所有财产的一部或者全部。在判处没收财产的时候，不得没收属于犯罪分子家属所有或者应有的财产。
《中华人民共和国刑法》
第五十九条
没收财产是没收犯罪分子个人所有财产的一部或者全部。没收全部财产的，应当对犯罪分子个人及其扶养的家属保留必需的生活费用。在判处没收财产的时候，不得没收属于犯罪分子家属所有或者应有的财产。
《中华人民共和国刑法》
第六十条
没收财产以前犯罪分子所负的正当债务，需要以没收的财产偿还的，经债权人请求，应当偿还。