1.能在廉价原料制成的培养基上生长，且生成的目的产物产量高、已与回收
2.生长较快，发酵周期短
3.培养条件易于控制
4.抗噬菌体及杂菌污染的能力强
5.菌种不易变异退化，以保证发酵生产和产品质量的稳定
6.对放大设备的适应性强
7.菌种不是病原菌，不产生任何有害的生物活性物质和毒素。
为加快筛选速度,通常采用下列几种方法:(平皿快速检测法:利用菌体在特定固体培养基平板上的生理生化反应,将肉眼观察不到的产量性状转化成可见的“形态”变化,包括纸片培养显色法、变色圈法、透明圈法、生长圈法和抑制圈法等。
(形态变异的利用:微生物的形态特征及生理活性状态与微生物的代谢产物生产能力有一定关系。有时,菌体的形态变异与产量的变异存在着一定的相关性。可以利用这种对突变型的形态、色素和生长特性的了解和判断作为初筛的依据。
(计算机技术的应用:由于现代计算机技术的发展,计算机技术和生物技术相结合,已能用于菌种的筛选。例如,我国阳葵等(2000)[16]以分形和多重分形理论为基础,以计算机图像识别技术为手段,对霉菌绿僵菌(Metarhiziumsp.)菌落形态进行了定量描述。发现菌落的生长形态特征与菌种性能好坏有一定的对应关系。根据多重分形特征与菌种性能相关性设计的分类器,可以用于优良菌种的自动识别,速度快,与人工分离筛选的实验数据相吻合。