自来水更干净一些，深水井是雨水渗透到地底，通过土壤层、沙石的天然进行过滤，最终到您的井中。深水井的优势是，第1 是完全免费，第2是假如周边没有污染物来源，是天然的水。缺陷是，第1 ，没有通过消毒杀菌加工处理，第2，周边很有可能有加工厂违法释放污染物质到地底，第3，天然降水中也很有可能带有污染物质。因此深水井很有可能含有化学污染物质和细菌，对您的健康不利。
自来水通常情况下是江河水，还有地表水，或二者的相混。但全部自来水都会通过消毒杀菌并进行过滤过的。再经煮开或家用饮水机的进行过滤，可以做到直饮要求。因此，深水井建议仅仅用于养花、洗衣服、清洗庭院，而自来水较为适用于直饮。自来水通过水厂进行过滤、净化、消毒杀菌等每项加工处理，水里杂物的含量较少。而深水井则没有经过任何加工处理，通常情况下含有较多杂物，尤其是钙镁离子的含量较高，假如井周边土地资源受到环境污染，有害杂物的含量会更高。
自来水是地表水通过自来水公司一系列加工处理（如沉淀，消毒杀菌，净化等），每项指标都做到国家直饮水标准，因此喝起来较为放心。深水井是地表水，从某种程度上讲，它比自来水要洁净。因为它所受到的环境污染较小（不像地表水），自来水虽通过加工处理达标，那也是相对的，是国家根据身体所能接受的要求或是根据加工处理技术所能做到的程度来定的。深水井最大的特性就是硬度较高，也就是钙、镁离子的的含量较高，但这对身体并没有任何伤害，现如今不是还在拼命地宣传推广补钙嘛。倒是对你烧开水的铝壶有损害，因为它较为容易积垢。
一般而言，深水井里的水几乎没有环境污染，水质较好，没有通过任何加工处理。自来水多源自江河，水质比较差，但有通过沉淀、进行过滤、杀毒等加工处理。城内的饮用水就是自来水了，这种自来水通过自来水水厂净化、消毒杀菌过，是较为安全的；但我个人并不喜欢那样的水，可能是在农村都会用的山泉水、深水井吧，用那自来水的时候，有闻到好重的消毒水的异味过，最后直接把水倒了，让水龙头持续流水一小段时间没有任何异味了才用。