法律分析：由土地所有权的村委会出具宅基地出售或者划拨的使用权证明，以此向国土资源局的不动产登记中心申请办理土地使用权证，而后凭此办理房屋产权证。前提是历史遗留问题，而不是违章建筑。
法律依据：《不动产登记暂行条例》 第五条 下列不动产权利，依照本条例的规定办理登记：
（一）集体土地所有权；
（二）房屋等建筑物、构筑物所有权；
（三）森林、林木所有权；
（四）耕地、林地、草地等土地承包经营权；
（五）建设用地使用权；
（六）宅基地使用权；
（七）海域使用权；
（八）地役权；
（九）抵押权；
（十）法律规定需要登记的其他不动产权利。第五条 下列不动产权利，依照本条例的规定办理登记：
（一）集体土地所有权；
（二）房屋等建筑物、构筑物所有权；
（三）森林、林木所有权；
（四）耕地、林地、草地等土地承包经营权；
（五）建设用地使用权；
（六）宅基地使用权；
（七）海域使用权；
（八）地役权；
（九）抵押权；
（十）法律规定需要登记的其他不动产权利。