财务会计制度备案操作流程如下：
纳税人在电子税务局客户端办理涉税事项办理时，需要使用CA证书（CA证书现在支持的有福建CA证书、总局CA证书、金税盘、税控盘）登录电子税务局客户端，才能办理此业务。
注：福建CA不需要进行电子印章注册，有电子印章的则不需要注册
1：把支持的有福建CA证书、总局CA证书、金税盘、税控盘插入电脑，
2：打开税务局客户端，点击帮助中心—数字证书_电子印章软件—总局电子印章注册系统——输入盘的口令——同意——注册——完成
3:退出税务局客户端，重新登录，点击CA登录（不需要输密码），直接点登录
4：输入盘的口令即可
5：涉税办理——登记——财务会计制度备案流程——输入日期——确定——填写申请表《财务会计制度及核算软件备案报告书》
6：打开微信扫描二维码上传拍照（纳税人财务、会计制度或纳税人财务、会计核算办法），或点击蓝色字上传附列资料，进行电脑本地上传
7:如核对无误，点击确定——左上角点击电子公章——拖动电子公章到需要盖章的地方，左击一下生成红色印章——确定
8：点击关闭按钮，返回到办税桌面——涉税办理——事项进度查询——输入查询内容，即可看到是否提交成功
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