法律分析：第一，政府给予的搬迁补偿款应进行如下会计处理。根据《企业会计准则解释第3号》《企业会计准则第4号——固定资产》以及《企业会计准则第16号——政府补助》等会计准则相关规定，M集团收到因政府规划从财政预算直接拨付的搬迁补偿款，应作为专项应付款处理。所以，2016年度M集团将收到的拆迁款按进度计入当期损益，不符合相关规定。
正确的会计处理方式为：在收到政府从财政预算直接拨付的搬迁补偿款时，借记“银行存款”科目，贷记“专项应付款”科目；对于属于补偿搬迁过程中发生的费用性支出，按照拆迁产生的相关费用金额，借记“专项应付款”科目，转入“递延收益”科目，借记“专项应付款”科目，贷记“递延收益”科目；并作为与收益相关的政府补助计入营业外收入，借记“递延收益”科目，贷记“营业外收入”科目。在企业完成拆迁之后，取得的搬迁补偿款扣除转入递延收益的金额后如有结余的，应当作为资本公积处理，借记“专项应付款”科目，贷记“资本公积”科目。
第二，在搬迁过程中发生的费用性支出应进行如下会计处理。对属于补偿搬迁过程中发生的费用性支出，应当计入当期损益，借记“营业外支出”科目，贷记“银行存款”科目。由此，收到的拆迁补助用于补偿当年及以后产生的费用支出，不对企业的净利润产生影响。
此外，注册会计师在审计过程中应当注意一些细节问题。根据《中国注册会计师审计准则第1141号——财务报表审计中与舞弊相关的责任》，注册会计师应当在风险评估阶段考虑对M集团业绩承诺可能存在舞弊的影响。同时，注册会计师应当在执行实质性程序的过程中，将对业绩承诺的影响分析考虑记录于底稿中，并运用重要性原则判断上述事项是否导致集团合并层面产生了错报。此外，如果注册会计师判断上述事项属于错报，则应当按照《中国注册会计师审计准则第1251号》的相关要求，针对相关错报与管理层进行沟通，并要求管理层更正错报。如果管理层拒绝更正沟通的部分或全部错报，注册会计师应当了解管理层不更正错报的理由，并在评价财务报表整体是否不存在重大错报时考虑该理由。
法律依据：《企业会计准则解释第3号》四、企业收到政府给予的搬迁补偿款应当如何进行会计处理？
答：企业因城镇整体规划、库区建设、棚户区改造、沉陷区治理等公共利 益进行搬迁，收到政府从财政预算直接拨付的搬迁补偿款，应作为专项应付款处理。其中，属于对企业在搬迁和重建过程中发生的固定资产和无形资产损失、有关费用性支出、停工损 失及搬迁后拟新建资产进行补偿的，应自专项应付款转入递延收益，并按照《企业会计准则第16号——政府补助》进行会计处 理。企业取得的搬迁补偿款扣除转入递延收益的金额后如有结余的，应当作为资本公积处理。
企业收到除上述之外的搬迁补偿款，应当按照《企业会计准则第 4号——固定资产》、《企业会计准则第16号——政府补助》等会计准 则进行处理。