我先说男性角色
江户川柯南
真实身份为高中生侦探工藤新一，人称“平成年代的福尔摩斯”、“日本警察的救世主”。他因为试图跟踪黑衣组织成员而被偷袭，并被灌下代号“APTX4869”的毒药，虽然幸免于死，但身体就此缩小成一年级小学生、七岁大小的模样。之后寻求阿笠博士的帮助，在被青梅竹马的女友毛利兰询问其名字时，化名为江户川柯南。在阿笠博士的提议下，寄住于小兰的父亲毛利小五郎家中，不仅解决着各种案件，并且秘密调查黑衣组织。
服部平次
大阪改方学园高中部二年级生，关西的高中生名侦探，和工藤新一并称“关东的工藤，关西的服部”。父亲是大阪府警本部长服部平藏，父子两人都是剑道高手。与远山和叶是青梅竹马的同班同学。深色皮肤，带着浓厚的关西腔。在调查一起案件时发现了江户川柯南的真实身份就是工藤新一，是《名侦探柯南》中第一个主动发现柯南身份的人。之后成为江户川柯南（工藤新一）的好友，两人经常联手办案。
毛利小五郎
毛利兰的父亲，与妻子妃英理在十年前就已分居。以前是一名优秀的刑警，和目暮警官是同事，后来因为一起事件而辞职，成为一名私家侦探，偶尔也会兼职做保镖。枪法精准，柔道也是一流，擅长过肩摔。
本来是个糊涂侦探，却因为经常以睡姿推理案情，屡破奇案，因此在业界享有“沉睡的小五郎”的美誉。但实际上，他只是被柯南用麻醉针弄睡着，再借用他的嘴巴说出真相而已。因为每次推理都是在昏睡状态，所以过程完全不记得，但即便如此他对自己的推理能力仍深信不疑，只是认为自己有“双重人格”。
高木涉
一般称为“高木警官”，名字来源于同名声优。警视厅刑事部搜查一课强行犯搜查三系巡查部长，目暮警官的部下。个性老实正直，为人随和，人称“滥好人”。与佐藤美和子为恋人关系。
目暮十三
警视厅刑事部搜查一课强行犯搜查三系警部，毛利小五郎以前的上司，白鸟任三郎的同事，佐藤美和子、高木涉、千叶和伸等人的上司，工藤优作的朋友。很敬佩工藤新一并经常依靠他破案。很有正义感。以前总是认为引来瘟神的是毛利小五郎，后来才发现是柯南。
阿笠博士
自称天才发明家，热衷于科学实验。工藤新一家的邻居，未婚。在新一被变小后，他介绍新一寄宿在毛利小五郎家中，而且还发明了许多设备帮助新一破案，是柯南最信任的理解者、协助者。柯南所使用的道具都是由其发明。现与灰原哀住在一起。爱车是大众甲壳虫。是第一个知道江户川柯南真正身份的人。很多人猜测他是黑暗组织的BOSS，但是作者表示他不可能是BOSS，因此属于柯南的正义一方
赤井秀一
充满神秘感的FBI搜查官。有极强的狙击能力、推理能力和情报搜集分析能力，车技一流。冷峻，不苟言笑。和琴酒一样都是左撇子，平时总喜欢戴针织帽。曾成功打入黑衣组织内部，并获得“黑麦威士忌”（Rye）的代号。被组织内部称为“银色子弹”。TV 504中为了帮助卧底进入组织的水无怜奈重新进入组织并骗取琴酒的信任，假装被枪击身亡。之后以冲矢昴的身份出现，暗中保护灰原哀，期间知晓了柯南的真实身份。TV 782中暂时回归，后继续使用冲矢昴的身份。
安室透
本名降谷零，化名安室透。真实身份为日本公安警察派入黑衣组织的卧底[1]，组织代号“波本”（Bourbon）。表面职业为私家侦探、餐厅服务生，在毛利侦探事务所楼下的波洛咖啡厅打工，并拜毛利小五郎为师。擅长搜集情报，有极强的观察力与推理能力。与FBI搜查官赤井秀一相互厌恶，因此伪装成伤疤赤井来观察赤井秀一是否已死。为了调查毛利小五郎与雪莉是否有关联而接近毛利，后对柯南的身份产生了兴趣。对FBI成员进行了一系列试探，推断出赤井秀一未死和赤井假扮为冲矢昴活动。由赤井秀一揭晓其真名和日本公安警察的身份。
琴酒
黑衣组织重要成员。经常和伏特加一起出现。身穿黑色风衣，银色（早期为金色）长发，脸总被帽子和刘海半遮掩着，左撇子。冷酷残忍，头脑冷静，眼神冷厉，似乎可以毫不犹豫地杀死任何人。经常执行各种暗杀和清除组织内奸的任务，是给工藤新一灌下APTX4869使其身体变小的罪魁祸首，亦是柯南所面对的主要敌人之一。
黑羽快斗【怪盗基德】
17岁，江古田高中2年B班学生。精通易容、变声、逃脱术。发现其8年前去世的父亲黑羽盗一就是怪盗基德后，继承怪盗身份成为第二代怪盗基德，通过大胆的盗窃行为来调查父亲的死因。发现父亲是被神秘组织暗杀后，便与其为敌，试图瓦解其阴谋。
白马探
英国留学生，高中生侦探，第二代怪盗基德（黑羽快斗）的主要对手之一，快斗的同班同学。父亲是警视厅警视总监。因追查职业杀手“蜘蛛”而回到日本并注意到基德（动画原创剧情），通过资料检索得知黑羽快斗就是怪盗基德，但是快斗始终不承认。希望在公正的情况下与基德一决胜负，并且希望在亲手逮捕基德之前基德不输给任何人。
京极真
全日本空手道冠军，有“蹴击贵公子”的称号。在某次空手道比赛中看见铃木园子为好友毛利兰拼命加油的身姿之后便开始喜欢园子。之后多次救园子于危难之中，两人也因此成为恋人。现正在国外留学。是小兰崇拜的人之一。