上海大学计算机工程与科学学院秉持教学与科研相融合的理念，专注于高可信计算与信息处理及计算机系统集成的研究领域。学院在高性能计算、网格技术、智能信息处理、软件形式化方法、网络与多媒体以及容错计算等多个前沿领域进行了深入的科学研究。学院拥有多个研究室，如“先进计算和应用中心”和“网格技术研究室”，这些机构不仅是上海市教委“高校网格技术E-研究院”——上海市高性能计算机与网格技术研发平台的核心研究力量，还作为上海大学先进计算和应用中心、高性能计算中心以及上海市多媒体应用技术研究中心等多个跨学科研究基地的依托单位，每年科研经费充足，超过千万。
自学院成立以来，已成功或正在进行的国家级和省部级科研项目累计近200项。其中，李三立院士在上海市科委的支持下，主持研发的集群式高性能计算机“自强2000”项目，标志着学院在并行计算机研究领域达到了国内先进水平，该项目荣获2001年上海市科技进步一等奖。目前，“上大自强3000”超级计算机已投入运行，位列世界超级计算机排名126位，其峰值速度达到2.15万亿次/秒，Linpack值测试为1.51万亿次/秒，系统效率高达70%。在2004年的全球超级计算机TOP500排名中，学院的超级计算机位居126位，性能超越了剑桥等英国大学和日本多数大学，以及俄罗斯各大学的同类设备。在中国TOP 100排名中，学院位列第六，国内高校排名第二，展现了当时的国际先进技术水平。
至2004年底，学院共获得了国家、省、部（市）级的科研成果奖超过30项。学院还积极加强国际学术交流，多次主办国际学术会议，展现了其在科研领域的开放和活跃态势。
学院历史可追溯到成立于1959年4月1日上海科技大学计算机系，1988年由上海工业大学计算机工程系和上海科学技术大学计算机科学系联合成立的计算机学院；享誉海内外计算机专家，中国工程院院士李三立教授担任院长，该学院是在钱伟长校长亲切关怀下成立的上海市高校中第一所计算机学院。1994年，新上海大学成立，上海科技高等专科学校计算机系和原上海大学计算机应用系也一起并入，联合成立了上海大学计算机工程与科学学院。悠久的办学历史，长期的重点建设，使得学院成为上海市重要的IT人才培养和科研基地。