南京城墙是世界著名的古城墙之一，其长度曾居世界首位。至正十六年（1356年），朱元璋攻克集庆后，建立了应天府，并至正二十六年下令改筑应天府城。洪武四年（1371年）至洪武十九年（1386年），又历时21年，新城竣工。洪武二十三年（1390年），朱元璋又下令建造了长约60公里的廓城。明代京师城垣分为外城、应天府城和皇城三重，但外城和皇城已毁，仅存城门地名。
一、正阳门
作为都城南面的正门，正阳门与明皇城的洪武门、承天门、奉天门等门位于同一条中轴线上，是守卫皇城的要塞。1931年改为光华门。1937年，日寇重炮轰击、飞机轰炸，城门坍塌。1958年拆除。
二、通济门
通济门是城下的主要通道，设有四级门券和瓮城，建筑宏伟。门外有九龙桥和东水关，位于秦淮河与明城濠的合流处。1958年拆除。
三、聚宝门
聚宝门原为南唐都城南大门，历经扩建，宋代创建了瓮城和券门。因民间传说朱元璋曾借聚宝盆，故得名。实际上，聚宝门因正对聚宝山（雨花台）而得名。该门连通商业大道，设有四级门券和三道瓮城，藏兵洞可容纳五六千人。1928年改名为中华门，1931年计划改筑城门，但未成功。
四、三山门
三山门原为宋元时期的城门，明代重建时因其正对城外的三山而得名。清代改称水西门。该门为西出要道，连通商业繁荣的地区，城下设有四级门券，右边是西水关。
五、石城门
石城门位于石头城附近，因此得名。路面铺设“监石”，清代八卦洲的柴薪由此运入城，监石因此被碾碎。该门也被称为汉西门或旱西门，现存的券门有两个。
六、清凉门
清凉门位于清凉山西麓的石头城侧，因此得名。由于面临秦淮河，也被称为清江门。清代时被堵塞，后毁坏。
七、定淮门
定淮门原名为淮远门，因秦淮河在此处入江，经常泛滥成灾，为镇秦淮河而改名。清道光二十二年淤塞后废弃。
八、仪凤门
仪凤门是明清时期出入长江的必经之路。太平天国时期，林凤祥曾挖掘地道炸开仪凤门城墙。1928年改称兴中门，1958年拆毁。
九、钟阜门
钟阜门位于狮子山岗，是明代都城北面西头的第一门，因门朝东而俗称小东门。清代时被堵塞，后拆毁。
十、金川门
金川门因金川河支流经过而得名，依山控江，形势险要。明叛将李景隆开门献城，朱棣的“靖难之师”由此入城。清代堵塞此门，后毁坏。
十一、神策门
神策门是军事防守要地，有两条券门。顺治时，郑成功17万大军攻城时，中了守城清将的缓兵之计，最终被击败。1928年改称和平门，现存的瓮城券门各一，谯楼一座，2002年修复开放。
十二、太平门
太平门位置重要，可扼要钟山，控制北郊。太平天国时期，在此筑有天堡城和地堡城。1928年曾改名为自由门，后毁坏。
十三、朝阳门
朝阳门是明代都城的东门，通往孝陵的主要道路。因位于皇家禁区，城门常闭。清代故宫改为驻防城，较为冷落。1928年改称中山门。
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