1938年秋建校， 原校址在县城内管屋巷昌村中学(今城关小学), 县长刘清如亲自题校名“于都县立中学”
1941年学校在现校址县城西北郭屋寮山岗上兴建校舍，占地100余亩
1942年师生搬到新教室上课
1945年日本侵略者的铁蹄伸进赣州，于都中学同葆灵女中合并，迁到本县禾丰乡亭子圩
1947年迁回现校址复校。
1952年改校名为“于都县第一初级中学”
1956年正式定校名为“于都中学”
1968年8月因“文化大革命”学校停办，校舍全部划分给于都县手扶拖拉机制造厂(于都县农机厂)作厂房
1972年2月收回厂房重办学校
1977年学校列为赣州地区重点中学
1978年定为省属重点中学，校名定为“江西省于都中学，设立初中部和高中部
2001年秋初中部剥离
2010年秋重办初中部
2012年9月至今 第一批高一新生入住南校区 2014年全部高中部应届生在此学习
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