法律分析：（一）如果员工直接持股协议中没有就员工离职后，其持有的股权该如何处理的约定，该股权应当继续由该员工持有。公司、公司其他股东均无权要求其将股权转让给任何第三人。
（二）如果员工直接持股协议中就员工离职后，其持有股权的处理作出了约定，应当按照约定办理。比如，公司与员工约定：“员工一旦离开公司，须将其持有的公司股权转让给公司指定的其他股东”，那么该约定显然是有效的，应当得到法律的尊重与保护。
（三）如果员工直接持股协议中没有就员工离职后，其持有股权的处理作出约定，但公司章程有规定的，应当按照公司章程的规定办理。比如，公司章程规定，“因公司实施股权激励而获得公司股权的员工，离职时应将其持有的公司股权转让给公司指定的其他股东。”公司章程的类似规定应得到法律的尊重与保护。
（四）需要注意的是，如果公司章程的有关规定并非是股权激励实施前的公司章程就有的内容，而是股权激励实施后，公司章程新增加的内容，且该员工对该内容在表决时投过反对票。则该内容对其不适用。也就是说，只有公司初始章程的规定才对全体股东有效，如果是体现在章程修正案里，则只有对该修正案认可的股东才受约束，如果股东未对该章程修正案认可，则不受约束。
（五）还需要指出的是，如果公司章程或者持股协议中约定的是要求离职员工将股权转让给公司，则该约定的效力存疑。尽管公司法允许公司在特定情形下回购股东的股权，但对于此种情况能否适用公司回购，在实践中存在一定的争议。故此，笔者建议，公司在制定股权激励方案时，要预先对此进行规避，避免不必要的纷争。
法律依据：《中华人民共和国公司法》
第七十一条 有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。
第七十二条 人民法院依照法律规定的强制执行程序转让股东的股权时，应当通知公司及全体股东，其他股东在同等条件下有优先购买权。其他股东自人民法院通知之日起满二十日不行使优先购买权的，视为放弃优先购买权。