你的问题，在司法实践中，各地有不同的作法，法律漏洞很大。
原告对一审判决不服上诉至上级院，在二审期间，上诉人撤回上诉时，经上级院审查后，裁定准许撤回上诉，这个做法是统一的。问题的关键不在这里，如果撤回上诉的同时，原告又申请撤回一审起诉，在这种情况下，上级院怎么办？这个分歧就很明显了：
1、有的法院是准许撤回上诉，并撤销一审判决；
2、有的法院是准许撤回上诉，同时一审判决生效。
目前为止，最高法没有明确的司法解释，本人严重不同意第一种做法的。理由如下：
1、一审宣判前，原告申请撤诉的，是否准许，由人民法院裁定。
意味着原告对一审的撤诉，最迟应在一审宣判前作出明确的意思表示，并由人民法院审查是否准许。当事人对一审判决不服，可以上诉至上一级人民法院。第二审人民法院判决宣告前，上诉人申请撤回上诉的，是否准许，由第二审人民法院裁定。
不难理解，上诉人不服一审判决，申请撤回上诉的最后期限，是在二审判决宣告前。所以针对原告一审撤诉及上诉人二审撤诉，民诉法都作出了明确的期限规定。
2、现行法律没有赋予二审法院以上诉人撤回上诉，又同意其撤回一审起诉，并以此为由而撤销一审判决的权力。
当事人认为自己的民事权益受到侵犯，有权向法院提起民事诉讼，这既是其权利，同时亦存在诉讼风险。民诉法对上诉案件的处理，进行了详细的列举。只有当原判认定基本事实不清或遗漏当事人等违反法定程序的严重情形，才能裁定撤销原判决，发回重审。即使如此，一审的判决还要接受重审的评判。二审期间只有调解、和解情形的出现，才能使一审的判决归于撤销，并以调解结案。虽上诉期间，一审的判决不生效，一旦上诉人撤回上诉，裁定准许后，将使一审判决生效。
3、上诉人的行为明显是滥用诉权的表现，亦有规避法律风险之嫌，二审法院的做法应受法律的禁止。
如果原告一审败诉，上诉期间提出撤回上诉，二审又同意撤回一审起诉，并裁定撤销一审的判决。二审法院同意撤诉并裁定撤销一审判决，既是对司法资源的浪费，也是对定纷止争审判权的弱化。试想一下，原告的撤诉，如违反社会的公序良俗，有损害他人的合法权益的情形，尚不会得到准许，会受到审判权的干预；发回重审的案件尚需得到重审的评判，而非一裁了之。那么原告一审败诉，上诉后却还能够撤回一审起诉，二审裁定使一审的判决归于消灭而没有任何救济，这种局面出现将导致一审审判权威的丧失，使原告的意志凌驾于司法审判权之上。有观点认为，当事人的意思可以否定或改变民事判决的内容，并不有损一审法院裁判的权威，这种提法与法治文明社会对司法审判权的要求极不相符。
综上，本人认为，民事案件上诉人上诉期间可以撤回上诉，但不能撤回一审起诉，二审法院更不得以此而裁定撤销一审判决。上述情况如任其发展，将极大地降低司法公信力。其实完全可以借鉴刑诉法司法解释第三百零八条的规定：在上诉、抗诉期满前撤回上诉、抗诉的，第一审判决、裁定在上诉、抗诉期满之日起生效。在上诉、抗诉期满后要求撤回上诉、抗诉，第二审法院裁定准许的，第一审判决、裁定应当自第二审裁定书送达上诉人或者抗诉机关之日起生效。