我觉得灭绝师太恨明教这还得从头说起，当初灭绝师太去鹰天教去去夺屠龙宝刀的时候，不小心被殷天正夺取了手中的倚天剑，后来被光明左使杨逍抢走，杨逍跟她的徒弟纪晓芙产生了爱情，并有了一个孩子。
灭绝师太想要她的弟子回心转意可谁不知宁愿背叛本教也不愿意出卖杨逍，并且因为孩子取名为杨不悔，意在说明自己永不后悔，灭绝师太杀了她的徒弟并记恨上明教。
等张无忌把杨不悔带上光明顶的时候，杨逍见到自己的女儿，想起纪晓芙是被峨眉灭绝师太一掌打死，决心登上明教教主之位，并下达教主之令凡是碰见峨眉派的人都绝不留情，从此明教和峨眉派结下了梁子永不化解。
后来灭绝师太率峨嵋派参与六大派远征光明顶一战，手执一把倚天剑大显神威歼灭众多的明教，更杀了明教许多高手有的甚至被斩去右臂，杀入光明顶后，使用倚天剑与张无忌对决，最后被张无忌在六大门派之前给打败了，更夺取了手中的倚天剑。这一仗可谓是奇耻大辱，丢进了峨眉派的脸面。
最后凭着自己的徒弟才把张无忌给打败了，这下明教和峨眉派的梁子越结越深，本来灭绝师太并不恨张无忌本人，但是因为加入明教成为明教教主，逼得自己的徒弟与张无忌恩断义绝。
后来更是因为身为明教教主的张无忌和赵敏勾结，所以更加的恨上了张无忌，更把这笔账记在了明教的头上。
灭绝师太从名字就可以看出来灭绝二字其实就是一种狠心的象征，灭绝师太身为峨嵋派的掌门人是正派中的一大教，而明教在他们眼中其实就是魔教，他们非常痛恨魔教中的人很正常的，再加上灭绝师太本来性格就是那种特别强硬直白的，这种性格就让他痛恨魔教的念头强大很多倍。不过灭绝师太那么痛恨明教其实还有一个原因，是她手下弟子的一个原因。
就是当时没绝师太手下有一个地址跟明教的使者杨逍，两人之间长出了爱情的火花。本来我没拍，就是那种修行的姑娘们，本来如果产生情爱的话就犯了戒，再加上那个弟子是跟明教中人动了凡心的，而在灭绝师太眼中肯定就是明教的那个使者杨逍勾引他的弟子纪晓芙，然后才导致他的弟子犯戒的。
当时就是就是明教的实力特别强大，而明教使者杨逍在武林中也有一定地位，实力也非常强。当时灭绝师太特别看好的一个弟子也就是纪晓芙，灭绝师太派她去刺杀杨逍。刚开始的时候纪晓芙是非常坚决的，想要杀杨肖的，但是后来经过几次与杨逍的碰面，两人在无意之中擦出来爱情的火花，一发而不可收拾。本来纪晓芙就是灭绝师太特别看好的一个弟子，将来也打算传位给她的，可是却出了这样的事情，无奈之下灭绝师太又逼死纪晓芙，痛失自己最心爱的弟子。
而在灭绝师太眼中，就是明教杨逍害死了她的弟子，其实也是为了自己好看，但是丧徒之痛也确实让她很生气。也正是因为这个原因，灭绝师太才如此恨明教。
本回答被网友采纳相信看过倚天屠龙记的人都知道灭绝师太这个人，灭绝师太是峨眉派的掌门人，她武艺高强并且拥有着倚天剑。当初八大门派在围攻光明顶的时候，灭绝师太就表现得非常痛恨明教，一心想要把明教的人杀个精光。峨眉派也算是名门正派，当时明教被人们称为魔教，正所谓“正邪不两立”，灭绝师太恨明教也是情有可原。
灭绝师太手中拥有着倚天剑，本身她的武功又是特别厉害的。她一心想要光大门楣，只要能够铲除了明教，峨眉派也就成为了中原第一大门派。当一个人有实力的时候，他自然就会很嚣张，这也是情有可原的，这是灭绝师太恨明教的其中一个原因。
其实暗地里面灭绝师太和明教有着很大的仇恨。灭绝师太还没有出家之前，他的哥哥就被金毛狮王谢逊杀了，要知道杀兄之仇不共戴天。灭绝师太也是因此苦练武功，希望将来有一天能够杀了金毛狮王谢逊。金毛狮王谢逊是明教 的四大护法之一，后来谢逊也是下落不明了，灭绝师太于是把这笔账都算在了明教的头上。
灭绝师太有一名爱徒叫做纪晓芙，纪晓芙基本就是未来的掌门人。纪晓芙后来爱上了明教的左使杨逍，两个人也是迅速地堕入了爱情，并且生下了爱情的结晶。要知道当时杨逍也是明教的人，纪晓芙跟明教的人混在一起，最后还是没有好下场，灭绝师太也就跟明教接下了仇恨。