上海中科院负责联系和管理中国科学院在上海、浙江和福建地区的研究院所工作。
上海中科院科研业务工作归口中国科学院，日常行政工作受上海市领导。上海分院始于1950年3月经政务院批准成立的中科院华东办事处，接管并改造了原国立中央研究院、国立北平研究院在上海、南京的研究机构，1955年2月更名为上海办事处，1958年11月成立上海分院，1961年改为华东分院，1970年中科院撤消分院体制，1977年11月恢复成立中科院上海分院。
上海分院系统现有19家机构(含上海分院)：上海微系统与信息技术研究所、上海硅酸盐研究所、上海光学精密机械研究所、上海应用物理研究所、上海技术物理研究所、上海有机化学研究所、上海营养与健康研究所、分子细胞科学卓越创新中心(生物化学与细胞生物学研究所)、脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)。
分子植物科学卓越创新中心(植物生理生态研究所)、上海天文台、上海药物研究所、上海巴斯德研究所、福建物质结构研究所、宁波材料技术与工程研究所、城市环境研究所、上海高等研究院、微小卫星创新研究院。
据2021年2月分院官网显示，中科院上海分院有一支13718人的科研、管理和支撑队伍，其中专业技术人员9761人(含高级研究人员4087人)；有13个国家重点实验室、39个中科院重点实验室，以及中科院上海教育基地、中科院上海国家技术转移中心、中科院上海交叉学科研究中心。
研究领域：
上海分院各研究所学科领域广泛，在优势研究领域有着长期的积累:在物质科学与技术领域，包括同步辐射、核科学与核技术、高能量密度物理、有机化学与有机材料、无机非金属材料和金属材料、天体物理、天文地球动力学和技术方法等。
在信息科学与技术领域，包括通信技术、微电子技术、光电子技术、激光技术、红外技术等；在生命科学与技术领域，包括生物化学与分子生物学、细胞生物学、神经生物学、植物生理学、分子遗传学、创新药物和生物技术、病毒学与免疫学、健康营养研究等。
同时加强学科交叉和融合，加强系统集成和提供解决方案的能力，在信息、新能源、新材料、空间、海洋、人口健康以及大科学工程等领域着力部署，不断提高创新能力和科研水平。