1、定义不同
ISI每年出版JCR（《期刊引用报告》，全称Journal Citation Reports）。JCR对包括SCI收录的3800种核心期刊（光盘版）在内的8000多种期刊（网络版）之间的引用和被引用数据进行统计、运算，并针对每种期刊定义了影响因子（Impact Factor）等指数加以报道。
SCI论文（Scientific Citation Index）是被SCI索引收录的期刊所刊登的论文，目前我国科技界对SCI论文概念模式，小部分研究者误认为SCI是一本期刊，由南京大学引用并成为各大高校和科研机构学术评价和奖惩的一类刊物。
2、重要性不同
JCR：随着各个厂家各自的内容仓库实现数量的增长，人们越来越需要一组通用的编程接口来使用这些内容仓库，这就是JSR-170所要做的东西。它提供一组通用的编程接口来连接内容仓库。你可以把JSR-170理解为和JDBC类似的API，这样你可以不依赖任何具体的内容仓库实现来开发你的程序。
你可以直接使用支持JSR-170的内容仓库；或者如果一些厂家的内容仓库不支持JSR-170则可以通过这些厂家提供的JSR-170驱动来完成从JSR-170与厂家特定的内容仓库的转换。
SCI：随着经济全球化，科学研究也日益全球化，SCI论文是进行国际科学交流的重要方式，也是使国际同行了解我们的主要渠道。
发表SCI论文，可以向世界显示我国基础研究的实力，提高我国在世界科学界的地位。在世界著名刊物如Nature和Science上发表一篇重要文章，对于某一学科而言，其意义不亚于在国际体育比赛中取得一块金牌。
发表SCI论文的多少和论文被引用率的高低，是国际上通用的评价基础研究成果水平的标准。是招聘、提升、考核、评奖的重要指标。
就基础研究而言，在什么样档次的刊物上发表的论文，便具有什么样档次的水平，一目了然，一般不再需要鉴定。成果不是在国际知名的SCI刊物上发表，便很难被认为是国际水平的。
发表SCI或SSCI论文是地理与资源所基础研究领域博士生取得博士学位的必要条件。也是联系出国深造时使国外导师了解自己的最好方式。
3、期刊收录不同
SCI：印刷版、光盘版从全球数万种期刊中选出3300种科技期刊，涉及基础科学的100余个领域。每年报道60余万篇最新文献，涉及引文900万条。进入SCI这一刊物的论文即为SCI论文。
JCR：JCR对包括SCI收录的3800种核心期刊(光盘版)在内的8000多种期刊(网络版)之间的引用和被引用数据进行统计、运算，并针对每种期刊定义了影响因子（Impact Factor）等指数加以报道。
参考资料：百度百科-SCI论文
参考资料：百度百科-JCR