白如梅，1661.10～1666.11（顺治十八年九月至康熙五年十月）
卢崇峻，1666.11～1668.1（康熙五年十月至六年十二月）
莫洛，1668.2～1671.1（康熙七年正月至九年十二月）
罗多，1671.2～1672.4（康熙十年正月至十一年三月）
鄂善，1672.4～1673.10（康熙十一年四月至十二年九月）
哈占，1673.10～1683.9（康熙十二年九月至二十二年八月）
禧佛，1683.9～1686.10（康熙二十二年八月至二十五年九月）
图纳，1686.10～1688.3（康熙二十五年九月至二十七年二月）
葛思泰，1688.3～1692.11（康熙二十七年二月至三十一年十月）
佛伦，1692.11～1694.4（康熙三十一年十月至三十三年三月）
吴赫，1694.11～1699.7（康熙三十三年十月至三十八年六月）
席尔达，1699.7～1701.11（康熙三十八年六月至四十年十月）
觉罗华显，1701.11～1704.2（康熙四十年十月至四十三年正月）
博霁，1704.2～1708.5（康熙四十三年正月至四十七年四月）
齐世武，1708.5～1709.8（康熙四十七年四月至四十八年七月）
殷泰，1709.8～1713.5（康熙四十八年七月至五十二年四月）
鄂海，1713.5～1721.6（康熙五十二年四月至六十年五月）
年羹尧，1721.11～1725.5（康熙六十年十月至雍正三年四月）
需要说明的是，康熙一朝并无陕甘总督，根据辖区变化，名称分别为山陕总督、陕西总督、川陕总督，直到乾隆十三年才改为陕甘总督。
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