岗位绩效工资制度起源于企业的薪酬管理制度，这一制度考虑了职员的工作绩效及其在薪酬上的体现，而在此前的事业单位工资制度中，并未高度强调过职员绩效及其相应的差异性薪酬结果。 李长安指出，事业单位绩效工资与企业的区别主要体现在四个方面：1、事业单位绝大多数不是以盈利为目的的，因而不能像企业那样以盈利指标来作为主要的考核标准。2、事业单位大都属于服务型单位，活动经费大都来源于财政拨款，因而不像企业那样可以衡量“投入产出比“之类的效率水平。3、员工结构也很不相同，事业单位很多都是知识性员工，都是脑力劳动者。4、企业的绩效工资主要是以效率和效益为导向的，而事业单位的绩效衡量起来难度大的多，操作起来也不容易。 战梦霞指出，在中国，“事业”是一个与“企业”相对的社会组织概念，是提供公益性服务的社会组织，而企业是市场竞争的主体，以谋取利润最大化为主要目标，它更多地追求经济效益。因此，二者在薪酬分配方面的激励机制是不同的。企业绩效以企业利润为核心，利润高、赚钱多，便是最大的绩效。因此，企业是以利润为核心来设置绩效工资；事业单位绩效的核心主要是它所应提供的社会公益性服务的数量和质量，因此，事业单位绩效工资是围绕其所提供的公益服务来设置的。 人力资源和社会保障部劳动工资研究所所长苏海南指出，“事业单位绩效工资改革的本质是向企业靠拢”的这个说法是不准确的。除了已经或应该改制为企业的经营开发类事业单位外，公益性事业单位与企业的性质是不一样的，发展方向也是不相同的。企业是市场竞争的主体，以谋取利润最大化为主要目的，它更多地追求经济效益，而事业单位应该是提供公益性服务的社会组织，它是绝对不能以简单的经济效益作为导向的。不同性质的企业与事业单位，它们在社会领域、经济领域追求的目标不一样。相应的，它们在薪酬分配方面的激励机制也不一样。所以，事业单位的工资改革是不可能也不应该向企业靠拢的。只有在打破“大锅饭”这一点上两者是相通的。
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