非要比一个高低的话，南京大学好一些，尤其是在国际学术界的名气。可能很少有人知道南京大学的前身国立中央大学当时是全国实力最强的学校之一。
作为教育部直属的重点综合性大学，南京大学在崭新的历史机遇中焕发出新的生机，首批入选国家“211工程”和“985工程”建设序列，首批入选国家“双一流”建设高校，首批入选国家级双创示范基地，始终处于中国大学的第一方阵，获得了公认的社会影响和学术声誉。
一、南京大学是顶尖985吗？
南京大学是顶尖985，并且是一所国家重点建设的一流强校。
南京大学位于古都南京，前身是创建于1902年的三江师范学堂，后经过合并、调整、更名，成为了现在的南京大学。该校和北京大学、清华大学、浙江大学等高校组成了“九校联盟”，成员都是国家首批“985工程”重点建设的一流大学。和这些学校相提并论，也能从侧面印证南京大学是国内最顶尖的985高校之一。
二、南大南开是一个档次么？
从综合实力上来说，南大比南开略胜一筹。
1、南京大学排名更高
南京大学与南开大学都是国内底蕴深厚的百年名校，也都是国内排得上号的顶尖985院校，但南京大学一直排名较高。
南京大学：在2021QS中国大学排名中，排名13；在校友会2020中国最好大学排名中，排名5。
南开大学：在2021QS中国大学排名中，排名29；在校友会2020中国最好大学排名中，排名12。
所以，虽然两校各有千秋，但 南京大学综合实力更强一些，因此排名也更高一些 。
2、南京大学顶尖学科更多
南京大学：在2020软科中国最好学科排名中，共有44个学科上榜，有31个学科排名前10%；2020软科世界一流学科排名中，学校有37个学科上榜，前50名学科数多达12。
南开大学：在2020软科中国最好学科排名中，共有36个学科上榜，有12个学科排名前10%；2020软科世界一流学科排名中，学校有23个学科上榜，前50名学科数仅有4个。
3、南京大学录取分数线更高
南京大学：2020年在四川省的理科录取分数线为678，文科录取分数线为627。
南开大学：2020年在四川省的理科录取分数线为668，文科录取分数线为616。
虽然录取分数线不能完全代表学校的实力，但一所学校的录取分数线也能够反映出学校的认可度。认可度高了，报考该校的人自然也就多了，那么分数线也会跟着水涨船高。 南开大学文理收分皆低于南京大学，这足以说明南京大学要更受欢迎一些。
南开大学虽略逊于南京大学，但也是一所实力雄厚、文理皆强的名校。该校坐落于天津市南开区，成立于1919年。建校百年，走过战争的洗礼，经过飞速的发展，学校现有国家“双一流”建设学科5个，一级学科国家重点学科6个，覆盖35个二级学科。已成为一所校风优良、文理并重的全国重点大学。