法律分析：不合法。按照我国行政处罚法规定，劳动法上的用人单位不是行政执法机关，无权对职工的违法行为进行罚款。所以，在实际中遇到公司对违反规章的员工进行罚款处罚的是违反法律规定的。罚款是行政处罚的种类之一，只能由行使国家行政权力的行政管理机关或者法律授权行使行政权力的机构行使。
法律依据：《中华人民共和国行政处罚法》第九条 行政处罚的种类：(一)警告、通报批评;(二)罚款、没收违法所得、没收非法财物;(三)暂扣许可证件、降低资质等级、吊销许可证件;(四)限制开展生产经营活动、责令停产停业、责令关闭、限制从业;(五)行政拘留;(六)法律、行政法规规定的其他行政处罚。