钙镁磷肥施入土壤后，在作物根分泌的酸和土壤中的酸性物质作用下，逐步溶解释放出有效磷，肥效不如过磷酸钙快，但后效较长。钙镁磷肥最适宜在喜钙的蚕豆、豌豆等豆科作物及油菜、大白菜上施用。
在酸性土壤上施用效果较好，在北方的石灰性土壤上施用，有时效果不太稳定。钙镁磷肥应作基肥及早施用，使它在土壤中有较长的时间溶解和转化，一般不作追肥施用。
不能与铵态氮肥混合施用，以免引起氮素的挥发损失。为了提高肥效，可预先与有机肥料混合或共同堆腐。钙镁磷肥的施用量视土壤缺磷程度而定，一般每公顷用量300～450千克，极缺磷土壤可达750千克。