疾控中心是对传染病毒都有研究，当传染病出现的时候（例如非典出现的时候，因为是新的传染病毒，他们就负责研究其致病的原因，和研究疫苗等工作），疾控中心就是负责应研究出新的方案控制疫情！并且及时研究新的疫苗的地方，有很多检测的设备！
但是防疫站没有研究设备，他们负责是注射疫苗（对已经发现的并且有疫苗的疾病）
他们的关系就是一个研究出疫苗，另一个负责帮助群众注射疫苗！（只是一部分关系，因为疾控中心还要负责研究方案控制疫情等很多工作，例如非典他们要清楚致病原因，知道传染途径，然后提醒医院去隔离病人等）
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