在纳粹党的种族主义蓝图中，《东方总计划》是仅次于《犹太最终解决方案》的重要一环，这是纳粹划定他们“大日耳曼帝国”东方边界的计划书，以及对超过5000万他们所谓“劣等”的斯拉夫、吉普赛和塞尔维亚等民族和纳粹意识形态的敌人（主要是指布尔什维克主义俄国）的占领区种族清洗政策。这份计划书从1936年开始制定，到1940年最终完成。
这份计划书的最终版本是由两个基本部分组成的。第一部分被称为“小计划”（德语：Kleine Planung），这份计划从1936年就开始实施，即要使二战前德国边界以东的地区逐渐成为德意志帝国的一部分。在这个“小计划”实施的各个阶段，将制定出更多的细节。这样，从吞并奥地利到慕尼黑会议的领土要求开始到1939年11月制订征服波兰的计划都是这个“小计划”的一部分。该计划的第二部分，被称为“大计划”（德语：Grosse Planung），是赢得战争后要实现的目标，即他们要在战争过程中及其之后25至30年期间逐渐实行的种族灭绝政策。这个计划中，除犹太人之外，吉普赛人、塞尔维亚人和波兰人都被纳粹认为是“低劣的种族”，其中波兰的“整个知识分子阶层”都在被清除之列。苏联境内的俄罗斯人、乌克兰人等民族也是所谓“劣等民族”，至今仍然没有准确的数据显示究竟有多少无辜平民被杀害。 根据保守估计，纳粹政权在占领波兰期间屠杀了20万波兰人（不包括居住在波兰的犹太人）。其中大多数是波兰的大学生、教师、大学教授、军官和工人，这些人大多在未经审判的情况下以“危害治安”为由被杀害。1944年的华沙起义失败后，德军开始在撤离波兰时沿途无差别的屠杀波兰人，这使得战争倒数第2年波兰成为平民死亡率最高的中欧国家。
仅仅因为在纳粹理论中被列为劣等民族，至少60万塞尔维亚人和22万吉普赛人在纳粹德国的占领区中被屠杀。仅在南斯拉夫的首都贝尔格莱德就有超过10万塞尔维亚人被集中的有组织屠杀。
1941年6月22日，纳粹德国进攻苏联。当月末，德军就在乌克兰基辅附近制造了娘子谷大屠杀，两天之内共杀害了至少3.4万犹太人以及其他当地居民。在随后的一个月内，10万多苏联平民丧生于娘子谷。
1942年7月4日，纳粹德军占领塞瓦斯托波尔。在随后的三个月内，德军将克里木14多万平民不分老幼塞进船里再开炮将其击沉，对企图游上岸的幸存者开枪扫射，不留一个活口，在德军占领克里木期间共有25万平民被屠杀。
在波罗的海沿岸地区，一共有60多万苏联平民被纳粹德国折磨致死，其中有许多人被焚尸灭迹。仅在立陶宛的波纳利镇上就有8万名苏联平民被集中屠杀。24万苏联平民在斯大林格勒地区中被德国军队残酷的杀害。很多情况下德军会在撤离他们新占领的村庄时用炸药将依然在使用的住房炸毁，里面的居民不准出来不然就会被视为“抵抗”而杀害。同时为了抢夺粮食和物品，随意枪杀当地居民也成为对于德军司空见惯的事。德军在占领区大批的强征苏联妇女作为军妓的行为（一般认为至少有300万苏联妇女被德军强奸）导致的当地居民抵抗更加重了当地受害者人数的剧增。
以“反德游击队”名义在苏德战线后方的德国占领区进行的屠杀则更加令人愤慨。为了邀功，在苏联的德占领区的德军驻防部队经常以“清剿游击队”的名义对村庄和城镇的苏联居民不分男女老幼的胡乱逮捕然后处决，随后德军会将这些遇害者作为“游击队”和“抵抗分子”的人头而去上报战功。这种野蛮行为至少导致200万苏联居民被屠杀。事实上这些只是纳粹在苏联进行屠杀活动的冰山一角，二战中至少700万苏联平民死在纳粹的枪口下。
1945年年初在希特勒的命令下，德国境内外大部分集中营关押的囚犯，像羊群一样被赶上路。仓促间，集中营的看守甚至不给囚犯收拾行李的时间——尽管他们的个人物品少得可怜。许多人在从事完繁重的劳动后便直接上路了。据史学家丹尼尔·布拉特曼的新作《死亡行军：纳粹种族屠杀的最后阶段》介绍，共有50万名来自德国境内外集中营的囚犯被迫进行“死亡行军”，有25万名囚犯在迁移过程中死亡。
除了种族灭绝，纳粹还根据宗教信仰、政治观点、身体和精神状态来对异己者进行有计划的消灭。在纳粹统治下的整个欧洲，大约有100万到150万政治犯被消灭，其中许多是共产党人或社会党人；罗马天主教徒也是受害最深重的群体之一。针对残疾人和精神病人的屠杀则更令人发指，纳粹宣传材料声称每个精神病患者要消耗60000帝国马克的资源，最好的方法是将其消灭。仅仅从1939年到1941年，就有大约10万名弱智人和精神病患者被杀害，其中大部分是德国人；零散被杀害的精神病患者可能超过4万人。最后，纳粹还有组织地杀死了5000到15000名同性恋者，因为这在他们看来是不可接受的性取向。 1940年至41年冬，在德国出现了粮食短缺和人民的抱怨。纳粹意识到维持食品充足是得到公众支持的关键。据历史学家德博拉和扬凡佩尔特计算：“数以百万计的苏联人将不得不因为纳粹维护德国的肉类口粮而死在纳粹德国在东方掠夺粮食的军队手中，而（至少250万人）德国士兵将成为消耗当地粮食的主要对象。”
德国军队在1941年6月21日到12月6日期间对苏联进行的几次大包围中俘虏了几百万苏军战俘。也许在战事急剧发展和前行速度颇快的军挺进中，要求德军照顾好人数为几百万的大批俘虏确实有困难，但根本的在于德国人根本没有做哪怕是一丝一毫的努力。德国军队出于多方面的原因故意不给俄国战俘饭吃，而在1941年冬季漫天大雪的天气里，气温降低到零下时，连他们安身的地方也未做好安排，许多俄军战俘因此在饥寒交迫中死去。其残酷程度甚至让纳粹的高级领袖都无法漠视，东方占领区事务布部长罗森堡在给最高统帅部长官凯特尔元帅的一封长信中，曾经对俄国战俘所受到的待遇提出抗议： 在德国的苏联战俘，遭到极为悲惨的命运。三百六十万战俘中，全劳动力只有几十万人，许多人不是饿死，就是由于……折磨而死。……这种情况本来是可以避免的，德国有足够的粮食供他们食用，而宁可让他们饿死。甚至在战俘被押送到战俘营途中，也不许老百姓给他们东西吃。许多战俘在途中由于饥饿劳累，跟不上队伍，被就地枪决。枪杀战俘是当着饱受惊吓的老百姓的面进行的，尸体就抛弃在原地。战俘营根本没有住的房子，刮风下雨，战俘也睡在露天里……最后还得提一下枪决战俘的事情，他们这样做……根本不从政治角度考虑问题……
绝大部分苏军战俘患上了因饥饿造成的浮肿病、坏血病、无休止的腹泻、结核病。苏军饿得无法忍受，整日在寻找任何能吃的东西：草、树根、昆虫、食堂里的残渣剩饭等。
以关押苏联战俘的第350号战俘营为例。这个战俘营从1941年7月一直存在到1944年10月。在战争的头几个月，首批战俘已到达，这里环境极其恶劣，供应的食品不仅难以下咽，而且数量极少，根本不够分配，绝大部分战俘食不果腹。苏军战俘在那里处于非人的条件下，他们住在没有窗户的房子里，不给生火取暖。虽然每天要干十二至十四小时的重活，可是供应的伙食，在战俘营党卫队看守心情最好的时候，配给苏联战俘的口粮是二百五十克代用面包和二公升所谓的“巴兰达”汤。而通常最普遍的伙食，只有一百五十至二百克面包，所谓的汤里只有草、烂土豆、树叶和其他乱七八糟的残渣。有很多战俘由于遭受折磨体力不支而死去。整个二战中，至少有400万上下的苏联战俘死在德军手上。
与此同时，纳粹宣称：“看着东方，那里将成为新欧洲的... ...一个真正的粮仓（其特点是）低密度的人口......和繁荣的农场以及吸引人的小城镇与粮仓。”他们设想，“驱逐四千万到五千万人，其中包括80-85%的波兰人和苏联人......这是等于是心照不宣地说明了他们将被杀害。”
奴役占领区的人民，使他们为第三帝国干最低贱的劳动，并不只是战时的权宜措施。 如果纳粹帝国长久维持下去，纳粹的新秩序将意味着德意志主宰民族统辖一个西起大西洋东至乌拉尔山脉的庞大的奴隶帝国。1941年7月，当时希特勒进攻苏联还不到一个月，他便着重指出，他的占领苏联计划是一种最后解决办法。一年以后，侵略苏联的战事进入高潮时，他教训部下说：我们对于亿万愚蠢可笑的斯拉夫人，要采取这样的办法：把他们之中的最优秀的按照我们的要求加以改造，而把其余的人隔离在他们自己的猪圈里；谁要是妄谈什么该对当地居民慈悲为怀，该让他们得到教化，马上把他送到集中营！
截至1944年9月底，为第三帝国做苦工的外国平民共约7500000人，这些人几乎都是用武力逮捕来的。此外，还有200万战俘。他们被装在铁篷货车上运到德国，途中常常吃不上， 喝不上，连拉屎撒尿的地方也没有。到了德国以后，就被派到工厂、田间、矿山从事劳动。 不仅劳动繁重，而且还遭到侮辱、殴打和挨饿，常常因为缺衣、缺食、没有住所以致冻饿而死。
在二战中欧洲死亡的4600万军民中，竟有1100万—1200万平民和战俘死于各种各样的纳粹集中营，其中至少包括450万犹太人和380多万苏军战俘。
