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东南大学机械工程学院起源于东南大学前身南京高等师范学校于1916 年创办的工艺专修科，是东南大学最早设置的工科类系科，历经国立中央大学工学院机械工程系、南京大学工学院机械工程系、南京工学院机械工程系、东南大学机械工程系。在九十年的办学历史中，茅以升、周仁、周惠久、吴学蔺、严济慈、钱钟韩、柏实义、陈学俊、曾德超、杨立铭、颜鸣皋、赵仁铠、王国金、童秉纲、丁衡高等知名学者、两院院士先后在机械工程学院工作或学习过。九十年来， 机械工程学院 不仅为我国机械、电子等工业领域输送了逾万名毕业生，为我国高等教育事业和国民经济建设作出了重要贡献。
学院以“211工程 ”、“985 工程”为契机，着重研究现代装备设计制造中的共性技术，包括快速产品 / 工艺 / 装配集成开发技术，制造系统与过程的体系建模、柔性可重组及质量保障技术，制造信息和知识的获取、处理、传递及应用技术，机电系统质量监控、电磁兼容与环境可靠性技术，纳米制造、超精密加工与微机械等技术，在新型光源及装备、智能汽车与工程车辆、数控机床、半导体集成电路专用设备、微特机械等现代自动化装备的设计、制造、自适应控制、质量保障、电磁兼容等方面做出了自己的特色。
机械工程学院承接并完成了国家自然科学基金、国家863 高技术、国家科技攻关和部省级攻关等大量国家级、部省级科研项目以及与企业间的科技合作与产品开发项目，年科研到款经费达两仟万元，取得了突出的科研成果。八十年代以来，学院获得国家级科技进步二等奖 1 项，部省级一等奖 5 项，二等奖 18 项，三、四等奖 40 项，各种专利 60 项。部分成果达国际或国内先进水平，并已应用于生产实际，产生了良好的社会效益和经济效益。与此同时，学院教师著书立说，在核心期刊发表了大量科研论文，出版了百余部有影响的学术专著。