办公室（安全保卫处） 负责协调全局政务工作，拟订工作制度、规章，督查督办年度工作、重要决定事项和领导批示的贯彻落实；负责机关日常运转和管理工作；承担各类公务文件材料的审核工作；承担政务公开、政务信息、保密、应急指挥联络、信访、12345 政府热线工单协调办理；负责新闻宣传、信息发布、舆情监测和安全保卫等工作；负责局机关信息化、办公自动化和网站建设；承担机关信息化和后勤方面的政府采购工作；承办人大建议、政协提案工作。
组织人事处 负责商务系统干部队伍建设的宏观管理；承担机关干部管理和直属单位领导班子建设工作；负责机关和指导直属单位的人事管理、机构编制、教育培训、工资福利、人事档案管理、出国（境）人员政审和专业技术人员职称评定等；指导商务系统人才队伍建设，做好各相关业务技能培训和继续教育工作；参与各相关工种职业资格标准制定、职业技能鉴定和证书颁发工作；负责双拥工作。
综合处 组织开展开放型经济、内贸流通等商务工作重大问题研究并提出意见和建议；牵头拟订商务发展战略、规划及年度工作目标计划，承担全市商务工作目标监测、管理和考评；负责全市商务运行综合统计分析和发布工作；牵头起草商务工作重要文件和综合性文稿；统筹协调商务领域综合改革有关工作；组织实施全市商务工作调研；负责商务系统区域合作事宜。
政策法规处 组织起草有关商务领域地方性法规、规章草案，拟订工作规范和实施细则；承担商务领域有关法律、法规、条约、协定实施的协调工作；负责推进依法行政工作，协调全市商务领域法律法规事务及相关工作；承担局机关有关规范性文件的合法性审核及相关备案工作；承担行政复议、行政应诉和行政执法监督相关工作；组织开展法规、规章执行情况的调查研究；负责行政审批制度改革的相关工作；负责处理商务改制企业政策咨询和遗留问题；承担商务系统法制宣传教育工作。
财务处 研究提出与商务工作相关的财税、金融等方面的政策建议；负责行政资金和局归口的各项业务资金、专项资金的具体使用、管理及绩效评价工作；负责局机关行政经费的日常会计核算工作；负责局机关和直属行政单位的预决算编制、财务管理、资产价值管理及政府采购和基建的资金使用工作；负责系统内部审计工作；指导直属事业单位的财务工作。
行政审批服务处 贯彻落实国家和省市有关法律、法规和规章，制定并实施行政审批工作制度；协助推进简政放权，负责落实行政审批制度改革的相关工作；负责本部门行政许可、备案和服务事项的受理和审批工作；指导区商务部门和开发区的行政审批工作；负责行政审批业务统计和分析工作，定期跟踪并及时反映业务情况；承担其他与行政审批事项有关的具体工作。
投资促进处 负责牵头全市投资促进工作，拟定全市年度投资促进工作计划和招商引资相关政策；分析研究全市招商引资情况及有关动态，提出招商引资工作建议；负责全市境内外重大投资促进活动的组织、协调工作，指导有关区及招商主体开展招商活动；负责全市投资环境的包装、宣传、营销、推广、评价工作，负责收集和编制全市投资环境宣传推介材料和各种电子出版物；负责境内外投资促进网络和公共服务平台建设工作；负责重大招商项目全过程跟踪、推进工作，协调相关部门解决重大招商项目洽谈、建设中出现的问题；负责招商大使、招商顾问的遴选和管理服务工作。
现代服务业发展处（服务业招商处） 贯彻落实国家、省关于推动现代服务业发展的相关政策，跟踪研究服务业发展趋势，拟订有关现代服务业发展战略、规划和政策；协调跟踪全市有关现代服务业重大项目招商，推进相关服务业集聚区和服务业重点项目建设；负责对全市现代服务业运行情况进行监测和分析；牵头推进现代物流发展和现代物流体系建设；牵头拟定并组织实施商务服务业的发展计划和相关激励机制；引导扶持现代新兴服务业态发展；研究提出相关行业规范和标准。
对外贸易处 负责全市对外贸易管理工作，组织拟订促进外贸稳定增长与转型升级的政策措施；指导、协调、管理全市货物进出口业务工作，组织实施有关重要工业品、原材料和重要农产品进出口计划；负责货物进出口贸易统计和运行分析，提出政策建议；指导和开展对外贸易促进活动，建设外贸促进体系，推动全市货物贸易转型升级；指导对外贸易经营者备案登记工作，规范外贸经营秩序，推动外贸信用体系建设；推进贸易便利化。
外国投资管理处 负责指导、协调和综合管理全市外商投资工作，拟订全市利用外资发展战略；负责推动全市外商投资企业转型升级，负责拟定全市外资总部、功能性机构、研发机构的政策及推进服务；负责重点外资项目的跟踪、协调和服务工作；负责全市外商投资统计工作和外资企业运行情况分析，负责全市利用外资综合评价和考核奖惩；牵头组织实施全市外商投资企业联合年报工作；依法监督检查外商投资企业执行法律法规及履行合同、章程的情况；协调、指导外商投资投诉工作；负责指导、协调全市外商投资事中事后监管工作，推动外商投资监管体系建设。
对外投资和经济合作处 贯彻执行国家和省对外投资和经济合作政策，研究制订全市对外投资和经济合作发展规划、政策措施并组织实施；归口管理全市对外投资（非金融类）、对外承包工程、对外劳务合作和对外援助等对外经济合作业务；负责全市对外投资和经济合作业务统计工作；负责组织、协调全市在境内外举办的对外投资和经济合作促进活动；承担市对外劳务合作管理工作协调小组办公室工作，牵头处置全市境外劳务纠纷和突发事件。
开发区处 承担全市开发区指导、服务、协调和管理工作，研究拟定促进全市开发区发展的规划和政策，协调、督促有关部门、各区和开发区的执行和落实；承担省级以上经济开发区设立、撤销的审核、报批工作；负责推进全市开发区深化改革工作；协调解决全市开发区建设发展中的重大问题，牵头有关部门做好服务工作；负责全市开发区的综合统计、运行分析及考核工作；负责组织全市开发区参与全省开发区综合评价。
机电和科技产业处（市机电产品进出口办公室） 负责指导、推进、管理全市机电和高新技术产品进出口，拟订和组织实施促进全市机电和高新技术产品进出口、优化进出口产品结构的政策措施；承担全市机电产品、高新技术产品出口体系建设和贸易促进工作；牵头推进全市先进技术设备、关键零部件进口促进工作，负责全市机电产品的进出口管理，牵头推动全市加工贸易转型升级和产业转移；牵头实施全市科技兴贸战略，负责机电产品、科技兴贸创新基地的培育和推进工作；执行国家进出口管制政策，根据商务部和省商务厅委托，服务、指导、跟踪两用物项和技术进出口工作。
流通业发展处 负责流通行业管理，促进流通业发展；牵头国内贸易流通体制改革试点、深化工作，创新流通管理体制；牵头组织协调流通行业标准工作，推动流通标准化和流通行业科技进步；指导流通企业改革，积极培育大型企业集团，支持促进商贸中小企业发展；拟订推进工贸结合、农贸结合、内外贸结合的政策措施；拟订调整优化流通产业结构的政策并组织实施，优化商业布局和结构；牵头拟订连锁经营、商业特许经营等现代流通方式发展的方针政策并组织实施，推进流通业态和流通组织形式现代化；按有关规定对拍卖、典当、租赁、旧货流通、免税商店等特殊流通行业进行监督管理；承担融资租赁试点企业管理；推进流通领域节能减排工作；指导再生资源回收工作；指导生产资料流通行业发展，拟订相关发展规划和政策。
市场体系建设处 研究拟订健全、规范市场体系的地方性法规、规章和政策，推动建设统一开放、竞争有序的现代市场体系；组织编制与实施城市商业网点规划，研究拟定城市商业网点管理办法和落实措施；研究提出引导各类资金投向市场体系建设的政策；组织实施中央、省和市财政性资金安排的市场体系建设投资项目；规范大型商业项目和流通基础设施建设；统筹城乡市场协调发展，推进社区商业、农村市场体系建设；推进各类商品市场的标准化建设，指导大宗产品批发市场规划工作，建立现代流通网络体系；推进农产品流通体系建设，拟定并组织实施农产品市场规划，加强农产品市场、冷链物流等基础设施建设，发展农产品现代流通方式。监督管理汽车流通业，负责二手车流通、老旧汽车报废回收拆解和更新的监督管理工作；指导汽车品牌销售管理工作。
市场秩序处（市菜篮子工程办公室、药品流通管理处） 牵头协调整顿和规范商务领域市场经济秩序的相关工作，参与组织打击侵犯知识产权、制售假冒伪劣商品、商业欺诈等扰乱市场秩序行为，指导全市商务行政执法工作；推进全市商务领域信用体系建设，引导行业规范，建立市场诚信公共服务平台；负责指导全市商业信用销售工作，拟订相关政策措施并组织实施；牵头组织规范零售企业促销行为及零售商、供应商建立公平的交易关系；承担市菜篮子工程办公室职责，指导全市“菜篮子”行业发展，负责推进全市“菜篮子”规划和项目资金的落实管理；负责药品流通行业管理工作。
市场运行和消费促进处（市酒类流通管理办公室） 负责市场运行监测、分析、预警预报工作，研究提出市场运行和调控政策建议；负责重要消费品市场调控和重要生产资料商品流通管理；建立生活必需品应急管理机制，建立肉类、蔬菜地方储备，建立小包装食品等商业代储制度；统筹商务领域消费促进工作，适时提出扩大消费的政策建议；承担酒类流通管理的有关工作；制定成品油行业流通发展规划，按规定对成品油流通进行监督管理，协调成品油市场供应，协助推广使用绿色能源。
商贸服务业处（老字号保护处） 负责拟订全市商贸服务业发展指导意见；承担餐饮、住宿、洗染、洗浴、家庭服务、美容美发、人像摄影、家电维修等生活性服务业的行业管理工作；负责推动建立健全家政服务体系、早餐工程等生活性服务领域的重点工作。拟定促进老字号保护与发展的相关政策并组织实施；牵头推动老字号保护、传承与振兴工作，开展相关人才培训和技艺交流，优化老字号发展环境；开展老字号发掘整理工作，组织“中华老字号”和地方老字号申报、认定，提升老字号知名度；推动老字号企业实施品牌战略，指导老字号企业通过连锁经营、电子商务等现代流通方式开拓市场、创新发展。
电子商务和信息化处 贯彻落实国家和省有关运用电子商务开拓国内外市场的政策措施，执行国家电子商务相关标准和规范；拟订推进全市电子商务发展的规划、政策和措施，促进全市电子商务健康发展；推动电子商务平台、重点企业、示范基地和产业园区以及农村电子商务建设，支持中小企业电子商务推广与应用；促进电子商务交易、网络零售、跨境贸易、电子商务服务业等多业态的发展；建立完善商务信息公共服务体系，开展电子商务行业统计、监测和分析；制订全市商务系统信息化建设发展规划，组织开展相关培训与交流；承担市跨境贸易电子商务服务试点工作领导小组办公室的具体工作。
服务贸易处（服务外包处） 负责拟订并组织实施全市促进服务贸易发展的政策、法规和战略规划；负责全市服务外包工作，拟定并落实全市服务外包政策和规划；负责全市服务贸易及服务外包的统计；负责全市服务贸易促进工作，推动服务贸易和服务外包公共平台建设；指导全市国际货物运输工作；承担涉外知识产权工作；承担全市服务贸易发展联席会议办公室和全市服务外包工作领导小组办公室的日常工作。
会展处 负责全市会展业的统筹协调、宏观规划、综合管理和引导促进工作；拟订全市会展经济发展总体规划；整合会展资源，推动会展行业发展；组织引进国际、国内知名品牌展会，扶持、打造地方品牌展会；组织、指导会展业和会展项目国内外宣传推广；加强国际交流合作，推进全市会展业国际化发展；负责组织、策划、运作以市政府名义主办的重大会展活动；负责在我市举办的国际国内大型会展的有关协调工作；统计、评估会展业发展情况，发布会展经济相关信息；组织、指导全市商贸系统各类展会节庆活动。
口岸综合与综保区处（电子口岸处） 负责组织编制南京口岸、综保区发展规划；研究起草地方性口岸法规；负责开展口岸重大课题调研；负责编制口岸资金计划；负责口岸业务综合及统计分析；负责协调口岸查验单位机构设置和人员编制调整方案；负责组织协调跨区域口岸合作及国际交流；负责归口协调口岸查验单位需地方政府解决的问题；负责组织开展口岸文明共建；承担市综合保税区管理委员会办公室的日常事务；负责申报设立特殊监管区域，协调查验配套设施规划、建设、验收及运行，负责推动口岸通关便利化；负责企业口岸通关的协调服务；负责协调推动“大通关”建设；负责推动电子口岸开发运用及区域合作。
海港口岸处 负责协调南京港口岸对外开放、关闭的审核申报及日常监管服务；负责编制相关口岸对外开放规划和年度计划并组织实施；负责协调相关口岸查验设施规划建设；负责协调相关口岸特资运输；负责协调推进国际（地区）航线及外贸内支线发展；负责推动提高相关口岸通关便利化；督促和协调口岸运营单位提供完善的执法条件和环境；参与跨区域口岸合作及国际交流；参与编制口岸规划；参与口岸重大课题调研；参与组织相关口岸文明共建活动。
陆空口岸处 负责协调铁路、公路、邮政及航空口岸的开放、关闭的审核申报及日常监管服务；负责相关口岸对外开放规划和年度计划并组织实施；协调相关口岸的查验设施规划建设；负责协调特资运输、国际（地区）航班、班列的发展；负责推动相关口岸的通关便利化；督促和协调口岸运营单位提供完善的口岸执法条件和环境；参与跨区域口岸合作及国际交流；参与编制口岸规划；参与口岸重大课题调研；参与组织相关口岸文明共建活动。
外事处（台港澳处） 参与全市商务出国（境）团组的报批审核工作；协助建设与管理全市海外经贸网络；牵头负责与各国政府经济主管部门及各类经贸促进机构的联系工作；负责协调推进全市与香港、澳门特别行政区以及台湾地区的经贸联络及投资合作；承担全市商务相关企业人员申领 APEC 商务旅行卡的有关工作；负责国（境）内外非企业经济组织常驻南京代表机构的联系工作；承担邀请外国经贸人员来宁的有关工作；承担“新加坡—南京重点项目合作委员会”南京方秘书处的日常工作；承担局机关及直属单位外事管理工作。
党建工作处（团工委） 指导商务系统各单位和党的关系在市委商务工委的企事业单位的党建工作，负责上述单位党组织和党员管理以及统战、知识分子工作；指导商务系统党组织的政治理论学习、思想政治工作、精神文明建设和党风廉政建设；负责商务系统思想政治工作研究会的日常工作；指导商务系统共青团工作。机关党委 负责局机关党群工作。离退休干部处 负责局机关离退休干部服务、管理工作，指导直属单位的离退休干部工作。工会按有关章程开展工作。 进出口公平贸易局（产业损害调查和反垄断处） 贯彻执行国家有关反倾销、反补贴和保障措施的法律、法规及政策；建立和完善预警机制，指导和协调全市出口商品的贸易摩擦应诉及相关工作；参与开展产业损害调查，做好产业安全数据报送工作；受委托依法对涉及全市的经营者集中行为进行反垄断审查并提出意见；承办市涉及世界贸易组织事务的相关工作；负责全市商务系统进出口公平贸易、产业损害调查及反垄断审查的宣传与培训；承担市应对国际贸易争端联席会议办公室的具体工作。
