主要区别是，专业性质不同、培养目标不同、主要课程不同、就业方向不同，具体如下：
一、专业性质不同
1、交通运输
交通运输是研究铁路、公路、水路及航空运输基础设施的布局及修建、载运工具运用工程、交通信息工程及控制、交通运输经营和管理的工程领域。
2、交通工程
交通工程学是交通工程学科研究与发展的基本理论，是从道路工程学中派生出来的一门较年轻的学科，它把人、车、路、环境及能源等与交通有关的几个方面综合在道路交通这一统一体中进行研究，以寻求道路通行能力最大、交通事故最少、运行速度最快、运输费用最省、环境影响最小、能源消耗最低的交通系统规划、建设与管理方案，从而达到安全、迅速、经济、方便、舒适、节能及低公害的目的。
二、培养目标不同
1、交通运输
主要培养以工科为基础，具有扎实的汽车运用技术、交通运输系统规划与管理、物流系统工程等方面专业知识，能独立从事汽车运用与管理、物流系统规划设计与管理的复合型高级工程技术人才。
2、交通工程
本专业培养具备交通工程和系统规划、设计与施工等方面知识，能在国家与省、市的发展计划部门、交通规划与设计部门、道路建设与施工、交通管理部门等从事道路工程设计、道路工程施工、交通系统开发等方面工作的高级工程技术人才。
三、主要课程不同
1、交通运输
高等数学、工程力学、计算机应用、机械制图与机械设计、自动控制理论、汽车学、汽车运用工程学、汽车营销与保险、汽车检测与诊断技术、交通运输工程学、交通运输规划与管理、物流学、物流管理信息系统、运筹学、管理学、物流装备与技术、国际物流等。
2、交通工程
工程测量、道路勘测设计、路基路面工程、桥梁工程、工程力学、城市道路设计、道路立交工程规划与设计、交通工程与智能交通、交通枢纽规划、交通规划原理、城 市规划原理、交通机电工程、系统工程、交通管理与控制、高速公路管理、工程概预算及施工组织、交通安全工程、交通环保工程、技术经济学、物流学、运筹学、 电路分析与电子技术等。
四、就业方向不同
1、交通运输
本专业所在的学科具有载运工具运用工程、交通运输规划与管理、交通信息工程及控制等方向的硕士和博士学位授予权，毕业生可以继续在本专业继续深造。 本专业毕业生可从事汽车生产管理与质量控制、汽车产品营销与技术服务，物流管理、物流技术与装备系统开发工作，可以在国家、省、市的交通规划、设计与管理部门等从事交通运输组织、决策、规划、设计等管理和技术工作，也可到高等院校、科研院所从事教学与科研工作。
2、交通工程
学生毕业后，可从事交通规划、勘测、设计、建造、监理、管理等方面的技术和管理工作，主要面向公路、桥梁、市政、城建、公安、铁道和民航等领域，适合在公路局、交通局、市政局、建设局、设计院、高速公路建设公司、高速公路养护公司、交通管理部门等单位工作，亦可到科研、教学单位工作，或继续深造。我国正处于交通工程设施建设的高速发展时期，学生就业前景良好。
参考资料来源：百度百科-交通运输
参考资料来源：百度百科-交通工程
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1、交通运输工程是研究铁路、公路、水路及航空运输基础设施的布局及修建、载运工具运用工程、交通信息工程及控制、交通运输经营和管理的工程领域。其工程硕士学位授权单位培养从事铁路、公路、港口、海洋、航道、机场工程勘查、设计、施工与养护，机车、汽车、航舶及航空器运用工程，铁道、公路、水路、航空信息工程及控制，铁路、公路、水路及航空运输规划、经营和管理的高级工程技术人才。
2、交通工程是交通工程学科研究与发展的基本理论，是从道路工程学中派生出来的一门较年轻的学科，它把人、车、路、环境及能源等与交通有关的几个方面综合在道路交通这一统一体中进行研究，以寻求道路通行能力最大、交通事故最少、运行速度最快、运输费用最省、环境影响最小、能源消耗最低的交通系统规划、建设与管理方案，从而达到安全、迅速、经济、方便、舒适、节能及低公害的目的。
区别在哪里？
本回答被网友采纳是不是前者相当于管理类的，后者是搞硬件施工的
追答不是，也有点像。一个是制造道路，一个是在路上开。