首先应选种好土壤地块，选择疏松、富含腐殖质、呈中性或微酸性的高山台地、沟谷溪流两岸的深厚湿润性棕壤、暗棕壤为好。深翻、整平，按株行距0．4米×1．0米或0．4米×0．4米开穴，穴深40厘米，备栽。
红豆杉的繁殖方法有种子繁殖和扦插繁殖，以育苗移栽为主。
一、种子育苗
1、采种催芽
10月中下旬，在红豆杉果实呈深红色时采收种子。该种子属生理后熟，需要经过1年的湿沙贮藏才能发芽。为提高发芽率，常采取室外自然变湿沙藏层积法对红豆杉种子进行催芽处理。
2、圃地选择
圃地选择以土层深厚、结构疏松、富含有机质、排水良好、不受西晒的稻田为宜(必须是当年收割的稻田土)。整地在收割中晚稻后，土壤干燥后深翻一次，碎土一次，尔后分厢做床。宽床1.5米(净床面宽1.2米，步道宽0.3米)；床高20厘米，苗床长度视苗圃地而定。
3、圃地施肥
在整地做床的同时，每亩施入腐熟的猪牛粪8000斤左右，速溶优质复合肥200斤，并拌入呋喃丹6至8斤防治地下害虫。在将肥料翻拌入土层并将整平厢面后，在厢面上填黄心土，厚5 厘米。
4、适时播种
红豆杉种子的播种分撒播和条播两种：撒播是将红豆杉种子均匀地撒在填好黄心土的苗床上，用黄心土覆盖种子，以不见种子为度，再用苔藓将苗床全部覆盖。条播则选取15厘米宽的木板，在填好黄心土的苗床上压播种沟，深2厘米，播种沟之间的距离15至20厘米。将红豆杉种子均匀播种于沟内，并用黄心土盖种，厚度1厘米，再用苔藓覆盖播种沟。
一般在早春播种。红豆杉种子贮藏1年后，有30%种子裂口现白时，及时筛出种子，放在0．2%的高锰酸钾溶液中消毒10分钟，再用清水冲洗干净，晾干明水后均匀地播在沟内。条播为主，粒距5～7厘米。也可采用撒播。播种后，挖取松林下带有菌根并过筛的黄壤土覆盖种子，厚度以不见种子为度。
应注意的是：一是严格控制播种量，每亩用种为15公斤，否则会严重影响二年生红豆杉苗木合格出苗率；二是播种后，撒播必须用苔藓将苗床全部覆盖，条播只要将苔藓覆盖播种沟。幼苗出土后，也不要将苔藓揭去，长期保持在苗床上。
5、苗期管理
红豆杉种子出苗率在70%以上。红豆杉幼苗期注意遮荫，播种时覆盖稻草以不见土为适宜，苗期搭建荫棚，透光度在60%。然后铺植苔藓护苗，保护苗床不受日晒雨淋，并经常保持土壤疏松、湿润。
苔藓护苗优点为：保护苗床不受雨水溅击和阳光直射，使苗木不受阳光灼伤及避免因茎、叶沾泥形成泥棒而窒息死亡，并且经常保持土壤疏松、湿润，减少中耕除草用工。但覆盖的苔藓要薄，不能太厚，如遇久旱不雨，可用细黄土压住苔藓，或用喷雾器喷水保持苗床湿润。
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