工程预付款的扣还和扣款有以下几种方式：
备料款属于预付性质。施工的后期所需材料储备逐步减少，需要以抵充工程价款的方式陆续扣还。
施工合同中应约定起扣时间和比例。
(1)按公式计算起扣点和抵扣额
原则：当未完工程和未施工工程所需材料的价值相当于备料款数额时起扣。每次结算工程价款时，按材料比重扣抵工程价款，竣工前全部扣清。
未完工程需主材总值=未完工程价值×主要材料比重=预付备料款
未完工程价值=预付备料款÷主要材料比重
起扣时已完工程价值=施工合同总值－未完工程价值
应扣还的预付备料款，按下列公式计算：
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第一次扣抵额= (累计已完工程价值－起扣时已完工程价值)×主材比重
以后每次扣抵额=每次完成工程价值×主材比重 例：某工程合同价款为300万元，主要材料和结构件费用为合同价款的62.5%。
例：某工程合同价款为300万元，主要材料和结构件费用为合同价款的62.5%。
合同规定预付备料款为合同价款的25%。则：
预付备料款=300×25%=75万元
起扣点=300－75/62.5%=180万元
即：当累计结算工程价款为180万元时，应开始抵扣备料款。此时，未完工程价值为120万元
所需主要材料费为120×62.5%=75万元，与预付备料款相等
(2)按合同规定办法扣还备料款
例如：规定工程进度达到60%，开始抵扣备料款，扣回的比例是按每完成10%进度，扣预付备料款总额的25%
(3)工程最后一次抵扣备料款
适合于造价低、工期短的简单工程
备料款在施工前一次拨付，施工过程中不分次抵扣。当备料款加已付工程款达到95%合同价款(即留5%尾款)之时，停止支付工程款
4.预付款的额度
工程预付款的最高额度不超过合同金额（扣除暂列金额）的30%。
资料拓展：
工程预付款，又称材料备料款或材料预付款。预付款用于承包人为合同工程施工购置材料、工程设备，购置或租赁施工设备、修建临时设施以及组织施工队伍进场等所需的款项。
工程实行预付款的，合同双方应根据合同通用条款及价款结算办法的有关规定，在合同专用条款中约定并履行。
承包人应在签订合同或向发包人提供与预付款等额的预付款保函后向发包人提交预付款支付申请，发包人应在收到支付申请的7天内进行核实后向承包人发出预付款支付证书，并在签发支付证书后的7天内向承包人支付预付款。
它是施工准备和所需材料、结构件等流动资金的主要来源，国内习惯上又称为预付备料款。
工程预付款的扣回：
起扣点T=P-M/N， （P为承包合同总合同额 M为工程预付款数额 N为主要材料和构件所占总价款的比重）
资料参考：工程预付款-百度百科
1、可以从未施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于工程预付款数额时起扣，从每次结算工程价款中，按材料比重扣抵工程价款，竣工前全部扣清；基本公式：T=P-M/N；式中T―起扣点，工程预付款开始扣回时的累计完成工作量金额；M―工程预付款限额；N―主要材料的占比重；P―工程的价款总额；
2、建设部《招标文件范本》中规定，在承包完成金额累计达到合同总价的10%后，由承包人开始向发包人还款；发包人从每次应付给承包人的金额中扣回工程预付款，发包人至少在合同规定的完工期前三个月将工程预付款的总计金额按逐次分摊的办法扣回。
备料款属于预付性质。施工的后期所需材料储备逐步减少，需要以抵充工程价款的方式陆续扣还。
施工合同中应约定起扣时间和比例。
(1)按公式计算起扣点和抵扣额
(2)按合同规定办法扣还备料款
(3)工程最后一次抵扣备料款
适合于造价低、工期短的简单工程
4.预付款的额度
工程预付款的最高额度不超过合同金额（扣除暂列金额）的30%。