我是这么理解的，
异形3里一开始的逃生小飞船上有蕾普丽的血液样本，而根据其克隆出来的蕾普丽具有酸性血液，记忆遗传等异形才具有的能力我们可知，异形在寄生宿主时会和宿主的基因发生同源交换或者是基因整合，就是指蕾普丽获得部分异形基因，异形获得部分蕾普丽基因，总之属于基因的横向遗传范畴。而要么那份保存的蕾普丽血样里同时含有蕾普丽的基因和异形的基因，要么是飞船既保存了蕾普丽的血样，又同时保存了“胎儿”的血样（本人猜测），这样
异形4中的那些
科学家们就同时获得了蕾普丽的基因（已整合部分异形基因）和异形的基因（已整合部分蕾普丽基因），而克隆人的技术比较成熟，克隆异形的技术不成熟（以前没这么干过），所以只克隆异形的胚胎，然后植入宿主体内进行发育，由于该异形胚胎的基因和蕾普丽的基因有一部分是相同的，所以植入克隆版的蕾普丽体内最适合其发育。所以说应该是“先复制了她然后再用她培育皇后”，而因为复制她所用的基因是已经发生同源交换后的基因，所以克隆出的她具有异形的部分能力！
其实
科幻片本身就是超越性的科学技术想象，连记忆都能遗传，目前的科学界还未发现能有此功能的基因存在，所以说看科幻片别太较真~呵呵
还有蕾普丽绝对是在异形3刚开始的时候被感染或者说寄生的，之前绝对没有!人类科学家除了从蕾普丽的血样中或者飞船上保存的胎儿血样（本人猜测）中获取异形基因的途径之外，没有其他途径得到过异形基因。