深入解析：ClinGen关于ACMG/AMP变异解读中的PS3/BS3功能学证据使用指南
在临床基因组学的前沿领域，美国ACMG和AMP联合发布的解读指南将功能实验(PS3/BS3)提升到了新的高度。这些实验，如酶活性检测和基因剪接分析，作为决定变异性质的关键依据，能够强有力地支持临床解读的精确性。然而，实验的有效性、一致性以及实验室间的标准化执行，是评估过程中不容忽视的挑战。
ClinGen的临床基因组资源服务中心(SVI)和变异评价和分类实践委员会(VCEP)正在不断优化这一指南，旨在提供各研究领域的标准化功能实验建议。尽管如此，由于实验方法的多样性与主观性，每个实验室在执行时仍需谨慎操作。SVI的四步骤流程为理解疾病机制、实验适用性评估、有效性验证和证据强度的应用提供了清晰路径。
解读策略：以功能实验为核心
深入理解机制：首先，必须明确基因与疾病的关联，包括基因名称、遗传模式和致病机制类型，如功能丧失或获得性突变。
实验适用性评估：考虑基因功能特性，选择合适的模型系统和实验方法，根据验证指标判断证据的强度。
重复验证与有效性：对于每项实验，都需要进行多次重复，确保预测结果的可靠性和一致性。
证据等级判断：
严格把控：缺乏对照或重复实验的数据应予以排除。
支持或良性证据：基于公认方法或明确参数的少量对照实验提供支持。
中等证据：需多例验证，但未明确区分致病与良性效应。
统计分析辅助：借助OddsPath等工具，对证据强度进行量化分析。
应用PS3/BS3：依据实验结果，灵活运用PS3(高度支持)和BS3(有力支持)证据，结合疾病机制进行综合判断。
整合一致性：当多个实验结果一致时，优先采纳最有力的验证；若存在矛盾，以能揭示机制的实验为准。
谨慎对待分歧：对于未达成共识的部分，需谨慎整合不同实验类型，避免混淆解释。
尽管独立的功能实验可能带来重复计算和解释的复杂性，但互补的实验证据可以增强结论的可信度。在解读过程中，务必参考权威文献以确保科学严谨。推荐关注:
王秋菊等人在《中国科学: 生命科学》2017年发表的《遗传变异分类标准》
Brnich等人在《Genome Med》2019年12月的《PS3/BS3功能证据应用指南》，DOI:10.1186/s13073-019-0690-2
通过遵循ClinGen的这些指南，临床医生和研究者可以更准确地解析变异，为个体化医疗提供有力支持。