在广泛收集保存种质资源的基础上，各有关研究单位陆续开展了蔬菜种质资源的评价和利用工作。“七五”（1986—1990）、“八五”（1991—1995）期间，“农作物品种资源研究”被正式列入国家科技重点攻关项目，其中包括蔬菜种质资源的收集、整理、繁种、入库、编目和几种主要蔬菜的抗病性鉴定及品质分析，这10年对蔬菜种质资源开始了系统的评价和利用工作（戚春章等，1995）。
对蔬菜种质资源的评价主要内容有植物学和农艺性状的鉴定，包括根、茎、叶、花、果、种子等的形状、大小、颜色、有无刺或茸毛等植物学特征和熟性、产量、抗病性、产品品质等农艺性状。由中国农业科学院蔬菜花卉研究所组织全国28个省（区、市）（西藏自治区、台湾省未包括在内）的专家共同制定了《蔬菜品种调查观察记载项目及描述标准说明》和81种以种子繁殖为主要方式的《主要蔬菜地方品种目录调查表》。由此，蔬菜种质资源的系统评价工作开始起步。“七五”期间，对菜豆、大白菜、黄瓜、辣椒4种蔬菜共5000余份种质资源的11种病害（如炭疽、枯萎、病毒、霜霉、白粉等）和7种营养成分（如粗纤维、粗蛋白、醣、辣椒素、维生素C、茄红素等）进行了鉴定。并在鉴定的基础上进行了系统的评价。与此同时，还编辑出版了中国第一部《中国蔬菜品种资源目录》。“八五”期间，又增加了茄子、豇豆、萝卜等蔬菜的鉴定（李佩华等，1998）。
“九五”（1996—2000）期间，继续开展了“蔬菜优良种质评价与利用”、“蔬菜优良种质评价与利用数据库”和“蔬菜种质资源繁种入库”等研究项目，完成了1000份普通白菜种质对TuMV的抗性、1174份豇豆种质对豇豆锈病的抗性和1059份菜豆种质对菜豆锈病的抗性鉴定；完成了514份大白菜种质的田间自然和室内控温耐热性鉴定；完成了556份普通白菜种质的耐抽薹性鉴定；完成了230份胡萝卜的耐贮性鉴定。总计完成各类鉴定6535份次。完成了305份胡萝卜种质的干物质、总糖、胡萝卜素、维生素C的测定；完成了542份长豇豆种质的干物质、粗蛋白、可溶性糖和粗纤维含量的分析。为了确保各项鉴定数据的可靠性、可比性和有效性，在进行各项鉴定之前，研究确立了相应的统一、规范的鉴定方法、指标和标准。同时，对“八五”初评的35份菜豆、70份大白菜、70份辣椒、120份萝卜、70份豇豆和35份水生蔬菜种质进行了多年多点综合评价，提出了300份有特点的优良种质资源。获得遗传性稳定、有利用价值和效果的优异种质资源16份，其中大白菜抗病的3份，菜豆抗病的2份，辣椒抗病毒的3份，萝卜抗病毒的3份，豇豆抗病的3份，水生蔬菜优质种质2份。
“十五”（2001—2005）期间，在国家基础性工作项目、国家自然科技资源共享平台项目、国家科技攻关项目、农业部资源保护项目、省市自然科学基金项目等的大力支持下，开展了蔬菜作物种质资源描述标准和规范的制定研究、标准化整理整合与共享试点建设，无性繁殖及多年生蔬菜作物种质资源标准化整理、整合及共享试点等工作。有力地促进了蔬菜种质资源评价工作向更加深入、更加规范的方向持续发展。已制定了30余种蔬菜种质资源的描述规范和数据标准。鉴定了225份白菜种质发芽期耐盐性和122份白菜种质苗期耐盐性。鉴定了189份萝卜种质和300份白菜种质的耐抽薹性。完成了对106份番茄种质苗期抗细菌性斑点病，冬瓜、南瓜、瓠瓜、丝瓜等7种瓜类蔬菜124份种质抗根结线虫，112份黄瓜种质抗灰霉病和菌核病，120份黄瓜种质抗南方根结线虫，107份莴笋种质抗菌核病和160份莴笋种质抗霜霉病等的鉴定。同时，对268份白菜种质种质进行了对小菜蛾的抗性鉴定。
20年多来，累计对18种蔬菜进行了45204份次种质资源的抗病（虫）、抗逆鉴定和质量分析，共筛选出各种优良和优异种质2500多份。
在全国性蔬菜种质资源的繁种更新和鉴定评价的基础上，仅国家蔬菜种质资源中期库和无性繁殖蔬菜种质资源圃，作为一个集资源保护、科学研究、社会教育与社会服务于一体的“国家蔬菜多样性保护、研究与示范推广中心”，每年接待国内外参观访问者数百人次。在满足种质资源更新和研究用种需要之外，自初建以来，累计向国内外科研和生产单位分发蔬菜种质资源377批次，涉及75种（变种）蔬菜，16591份次。仅“十五”期间就向种质资源协作单位提供更新用种11608份，向国内外118个研究和生产单位分发46种蔬菜种质资源154批次，计5806份。促使优异基因渗透到全国各地育成的主要蔬菜新品种中，并推动了全国蔬菜产业的发展。目前，还有不少优异的种质材料被直接在生产上推广应用。其中茄果类蔬菜中以辣椒的地方品种利用最多。如河南省永城辣椒、云南省邱北小辣椒、河北省望都大羊角椒、福建省宁化牛角椒等干制的优良品种。其特点是色泽鲜艳、水分少、油性大、味芳香，其加工产品不仅内销，还外销到东南亚各地。瓜类中利用最多的是黄瓜，如长春密刺，因其具有早熟、丰产的特点，在保护地栽培中被广泛应用。加工黄瓜品种如扬州乳黄瓜、锦州小黄瓜等则已成为加工的良种。中国豆类蔬菜的品种数量位居蔬菜种质资源中的首位，其中尤以东北的菜豆种质资源最为丰富，被推广利用的品种也较多，如家雀蛋、大花皮、白羊角等品种，其品质优良，适于炒食或速冻加工。此外，还有江西省上饶菜豆，云南省大理、保山的荷包豆等名优品种。根菜类的萝卜，生食品种心里美因其味甜、质脆、色美而著称国内外，在华北、东北有栽培外，并被引至欧美各国。加工品种有浙江省萧山萝卜、江苏省如皋60天萝卜、如皋小圆萝卜等，用其加工而成的萧山萝卜干、如皋萝卜条等在国内享有盛誉，还远销海外。中国是世界上唯一利用茎用芥菜生产榨菜的国家，其中又以四川省栽培历史最为悠久，浙江省生产量最多。芥菜类中的茎用芥菜品种如四川省涪陵的枇杷叶、鹅公包、三转子以及浙江省海宁的半碎叶、全碎叶等都是加工榨菜的优良品种，已在生产上广泛推广利用。姜和葱蒜类蔬菜中的大葱是中国特有的调味品，其中山东省莱芜片姜和大姜两个类型是山东省的主要特产蔬菜；大葱又以山东省章丘大葱最为有名，主要品种有大梧桐葱、气煞风等，这些品种已被有关产区大量引种。被各地引种的优良品种还有大蒜中的山东省苍山大蒜、蒲棵蒜、糙蒜、高脚子以及江苏省太仓白蒜、徐州丰县白蒜等；韭菜中的汉中冬韭、寿光马蔺韭等。水生蔬菜中的莲、菱、茭白、水芹、蒲菜、水蕹菜等，均原产于中国。其中藕莲品种中，著名的有江苏省宝应贡藕，明朝以藕粉进贡而得名，目前仍被广为栽培。另外还有浙江省江湖州的双塘雷藕，其孔眼小、肉质细腻。湖南省湘潭的寸三莲，是白莲中的优良品种。茭白又以江苏太湖的鲜茭最为有名，其加工品远销日本等地，它们都已成为当地的主栽品种。多年生蔬菜中被广泛推广应用的，黄花菜有山西省大同黄花菜、湖南省祁东的长咀子、河南省淮阳金针、江苏省宿迁大鸟嘴等优质名产品种；百合有甘肃省兰州百合、江苏省宜兴百合、浙江省湖州百合、江西省万载百合等优良名产品种，不仅内销，还远销东南亚和我国港澳等地（王素、胡是林，1995）。
此外，在进行全国性的蔬菜良种的搜集过程中，使一些已经丢失的地方良种失而复得，为进一步利用创造了条件，如在新疆自治区找到了已丢失的早熟、丰产的江苏省南京市地方品种苜蓿园黄瓜和极早熟徐州叶儿三南瓜；又如重新发现了上海市杨行黄瓜、盘香豇豆、安徽省的泥里埋四叶椒等等。同时，还进一步发现了一批地方良种和特产品种，可直接扩大栽培或供有关省（区）市间引种利用。如四川省发现有坐果率很高，嫩荚重达20g的重庆乌荚菜豆；单株重达2.5kg的达县双尖莴笋；可于11月份收获的南江冬豇豆；高抗病毒病且高产的珙县90天和110天白萝卜；以在短缩茎上丛生的膨大侧芽供鲜食、深受当地群众喜爱的芥菜新变种抱儿菜以及以叶柄供食的涪陵榨菜等。还有江西省吉安产长苦瓜，单瓜长可达1m，重750～1250g，肉厚、质佳、丰产，是其他地区所少见的品种。此外，还发现一些野生蔬菜和稀有蔬菜，可供进一步开发，如皖南山区特有野菜朱藤花，用其花蕾作汤用，味道鲜美；云南省北部山区栽培的小雀瓜，采食其嫩瓜作蔬菜用；云南省腾冲的野生红茄，抗枯萎病，是茄子砧木的好材料；云南省北部山区栽培的黒籽南瓜是黄瓜砧木最好材料，这一发现完全改变了由日本进口黑籽南瓜的局面（戚春章，1985）。