主要区别是，科目分类不同、生长环境不同、主要价值不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、绿藻
绿藻属于绿藻门，绿藻纲、轮藻纲，衣藻属、团藻属、水绵属、丝藻属。
2、螺旋藻
螺旋藻，属于蓝藻门、蓝藻纲、颤藻科、螺旋藻属。
二、生长环境不同
1、绿藻
绿藻多见于淡水，常附著於沉水的岩石和木头，或漂浮在死水表面，也有生活於土壤或海水中的种类，浮游种类是水生动物的食物或氧的来源。
2、螺旋藻
螺旋藻喜高温（25-30℃），高碱（pH8-11）的特性，因此它可以聚集生活在较严酷的环境中，如碱水湖、一些海洋环境和盐碱湖（主要的生长地）。
三、主要价值不同
1、绿藻
据认为单细胞的衣藻与陆地植物的祖先相似，贮藏的营养物质主要为淀粉和油类。绿藻中如石莼、礁膜、浒苔等历来是沿海人民广为采捞的食用海藻。海产扁藻、小球藻等单细胞绿藻繁生快，产量高，含有一定量的蛋白质、糖类、氨基酸和多种维生素，可作食品、饲料或提取蛋白质、脂肪、叶绿素和核黄素等多种产品。有的绿藻可作为药用，如小球藻、孔石莼等。此外，利作藻菌共生系统和活性藻的方法来处理生活污水和工业污水。
2、螺旋藻
螺旋藻是稀有藻类生物，也是一种天然食品 。螺旋藻是自然界营养成分最丰富、最全面的生物，螺旋藻富含高质量的蛋白质、γ-亚麻酸的脂肪酸、类胡萝卜素、维生素，以及多种微量元素，如铁、碘、硒、锌等。
螺旋藻在全世界范围内已被广泛用作保健品，并同时被美国和欧洲航天局推荐为长期执行太空任务人员的主要食品之一。螺旋藻被发现具有多种药理作用。如降血脂、抗氧化、抗感染、抗癌变、抗辐射、抗衰老、增强机体免疫力等。
参考资料来源：百度百科-绿藻
参考资料来源：百度百科-螺旋藻
小球藻（绿藻）与螺旋藻的差异
由于小球藻对人体具有很好的保健效果，我国也曾经投入大量的人力与物力进行过研究和开发利用，但结果却很不理想。原因有两方面：一方面是藻种的问题，养殖的藻种是不是pyrenoidosa这个优质品种，当时很难鉴定；另一方面是还不具备小球藻细胞的破壁技术。小球藻外层因有三层细胞壁包裹，十分坚韧，不经过破壁处理，其内在的营养成分是很难被消化吸收的。
由于小球藻的养殖设备投入大，养殖环境要求高，需要破壁处理工艺等技术支持，所以食用区域主要流行在日本、欧美、中国港台等发达国家和地区；而螺旋藻因养殖成本价格低廉，则大量被发展中国家所采用。
小球藻中的某些功能成分，如生物素、叶绿素、叶酸等，远比螺旋藻含量高。如小球藻中的叶绿素含量是螺旋藻的5倍，可以说是自然界中的绿色之王！小球藻有坚韧的细胞壁保护层，而螺旋藻丝体外层是细胞膜。小球藻破碎后的细胞壁是很好的膳食纤维，有很好的润肠通便作用，预防结肠癌。
弱碱性的小球藻被称为“药效藻类”、功能物质的“生物反应器”。尤其重要的是，近年来科学家在研究小球藻时发现了螺旋藻所不具备的特殊功能物质——小球藻活性生物生长因子（CGF）。CGF是具有生物反应修饰作用的活性物质，其生理功能表现为：对于抵抗衰老、活化人体细胞具有重要作用；改善心、肺的带氧功能；激活淋巴细胞，增强巨噬细胞吞噬功能的作用；识别并抑制变异细胞的生长，预防癌症的发生；增强机体的免疫功能；高浓度的叶绿素协同作用，能与体内器官组织中蓄积的重金属、化学有害物质等毒素结合，并将其排出体外；净化体内环境，恢复肝、脾、肾等脏器的解毒功能；平复血压、血脂、血糖值，辅助治疗糖尿病及心脑血管等慢性疾病；促进人体受损伤组织的修复及伤口愈合；改善胃肠功能，防治胃溃疡，促使人体肠道中双歧杆菌和乳酸菌繁殖，具有调节肠道内菌群、灭活致病菌的作用。
小球藻中含有天然的生物素，而螺旋藻中未检出。生物素的作用越来越被医学和营养学所重视。生物素与碳水化合物、蛋白质和脂肪的代谢，具有防止过早白发、脱发、视力减退、缓解痛风、肌肉疼痛，减轻湿疹、皮炎过敏症等功能。
小球藻中叶绿素的含量为2000～7000毫克，远高于螺旋藻的800～1200毫克，其叶绿素含量是自然界中最高的种类。叶绿素分子结构和血红蛋白分子结构相似，有很强的吸附毒素作用，被誉为排出肠、肾、肺、血液中有害物质的“清洁工”。叶绿素与叶酸可以保持细胞和骨骼钙的浓度，使中老年人不因钙的快速流失而导致骨质疏松、牙齿脱落，能修复受损的牙龈组织。对于不愿吃青菜的儿童及吃青菜困难的老年人来说，小球藻是补充叶绿素及叶酸营养的佳品。
种类比较项目：小球藻（绿藻）（要破壁）
螺旋藻（不需破壁）
小球藻（绿藻）与螺旋藻之差别比较表
破壁后小球藻（绿藻）中的CGF功能物质能够提高正常细胞再生能力达25%以上，产生更优质的细胞，使细胞、组织、器官重获新生。中医研究认为藻类中，小球藻（绿藻）性凉，但是最温和，连虚寒之人也可服用。