他 是中国第二大博物馆，中国三大博物馆之一，中国最早创建的博物馆，是一座大型综合性的省级历史与艺术类博物馆，全国综合性历史艺术博物馆，全国重点博物馆。
南京博物院前身是1933年蔡元培等倡建的国立中央博物院，原拟建“人文”、“工艺”、“自然”三大馆，后因时局关系，仅建“人文馆”，即现在的南京博物院大殿，该建筑为仿辽代宫殿式，由著名建筑师徐敬直设计，经建筑大师梁思成修改，为博物院主楼，整个大殿雄伟壮观，是近代建筑史上的杰作，其结构部分按《营造法式》设计建造，某些细部和装饰兼采唐宋遗风。
南京博物院二期已完工，改扩建后的南博，形成“一院六馆”的格局，即历史馆、特展馆、数字馆、艺术馆、非遗馆、民国馆。另全院设“六所”的研究部门，即考古研究所、文物保护研究所、古代建筑研究所、陈列艺术研究所、民族民俗研究所、古代艺术研究所。
1934年7月，傅氏因中央研究院本职事务太忙而离职，教育部改聘李济继任。李济上任后，着手进行博物院主体建筑的兴建，成立"中央博物院建筑委员会"，委员长为翁文灏，委员有张道藩、傅汝霖、傅斯年、丁文江、李书华、梁思成、雷震、李济。
在1934年7月26日第一次会议上，公推其中的张道藩、傅斯年、丁文江三位为常务委员，梁思成为专门委员，会议还讨论了征用院址土地的问题。8月4日，筹备处即正式致函南京市政府，拟征收中山门内路北旧旗地为院址。至1935年4月，市政府正式函复，划定半山园旗地100亩为院址，后又增加93亩。
1936年4月成立了中央博物院第一届理事会，由教育部会同中央研究院聘请蔡元培、王世杰、胡适、李书华、秉志、朱家骤、张道藩、翁文灏、李济、傅斯年等13人为理事，公推蔡元培为理事长，傅斯年为秘书。同年11月12日，举行了隆重的建筑工程奠基典礼。
抗战期间，中央博物院筹备处连同所属的文物于1937年底迁离南京，将文物分三路转移到西南各处，经过数处转辗，最终于1940年底驻扎于宜宾李庄。
日寇占据南京期间，在博物院设有防空总机构，对已完成的部分大加改造，并破坏多处，损失严重。1946年8一12月，在中山门内院部，建筑委员会连续召开了三次会议，讨论并通过了修复工程计划。
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