企业合并与企业兼并有许多的不同。主要为以下几点：
一、定义不同
企业合并，是指将两个或者两个以上单独的企业合并形成一个报告主体的交易或事项。企业合并分为同一控制下的企业合并和非同一控制下的企业合并。通过合并，合并前的多家企业的财产变成一家企业的财产，多个法人变成一个法人。企业合并是资本集中从而市场集中的基本形式。在日本以及欧美国家，企业合并只要不带来垄断弊端，就被视为合理，甚至受到政府政策的鼓励，但可能导致垄断的企业合并，会受到反垄断政策的干预。
企业兼并是两个或两个以上的企业根据契约关系进行权合并，以实现生产要素的优化组合。企业兼并不同于行政性的企业合并，它是具有法人资格的经济组织，通过以现金方式购买被兼并企业或以承担被兼并企业的全部债权债务等为前提，取得被兼并企业全部产权，剥夺被兼并企业的法人资格。企业兼并的核心问题是要确定产权价格，这是转移被兼并企业产权的法律依据。
二、法律特征不同
企业合并的法律特征
1．企业合并的当事人是公司本身、而非公司股东作为一种民事法律行为，其当事人是公司本身，而非公司股东。
2．企业合并必须依法定程序进行，但其涉及相关公司股东、债权之利益，并可能关联国有资产权属移转，必须依法对合并行为予以规制。对于特殊类型的企业合并，除了依法订立合并协议以外，还要经过有关部门的批准， 3．企业合并是一种协议行为，而非行政行为
4．企业合并中的公司类型受到限制。多数国家的公司法对于公司合并采取种类限制主义，要求只有同类责任形式的企业才可以合并。少数国家或地区采取非限制主义，不论合并公司属何种责任形式都可以合并。
企业兼并的法律特征
第一， 兼并必须是通过有偿转让的方式进行的。
第二， 第二，被兼并的企业的法人资格消失或改变法人实体。
第三， 第三，国有企业兼并，产权性质不变，国有企业兼并是在国有企业之间进行的。非
国有制企业对国有企业进行兼并，国有企业的产权性质就发生变化。
第四， 第四，实行国有企业兼并，国有企业资产不流失。国有企业兼并，是以国有资产的
流动和重组为基础进行的，被兼并企业的财产经过清产核资划归兼并企业所有，这部分财产仍然是国有资产，只不过管理国有资产的部门发生了变化。
三、动机或目的不同
企业合并的主要动机或目的有：
1．加快企业发展，如为了尽快扩大市场占有率； 2．经营和生产多角化；
3．控制原材料、资源、以获得更大的市场支配力； 4．实现规模经济，组织大批量生产；
5．获得税收、金融上的好处，这种动机与政府政策和金融企业的政策有关； 6．吸收技术和经营管理能力，如为了获得某项技术，购买掌握这项技术的企业； 7．救济经营不善的企业； 8．便于安排人事。
企业兼并的目的或动机主要有：
1.追逐市场势力。
2.获得多工厂经济的好处。 3.防止机会主义行为产生。 4.避免讨价还价问题。
5.消除下游产业投入品选择中的扭曲现象。 6.改善不完全市场信息的质量。 7.便于实施有利可图的价格歧视策略。 8.提高竞争对手的成本。
四、形式不同
企业合并主要有以下几种形式：
同一控制下企业合并、非同一控制下企业合并；水平合并、垂直合并、混合合并；吸收合并、创立合并、控股合并；善意合并、恶意合并；现金合并、股票合并。
企业兼并的主要形式：
购买兼并、接收兼并、控股兼并、行政合并、企业兼并、横向兼并、纵向兼并、综合兼并。
五、性质不同
企业合并须由双方达成合并协议，是双方平等协商、资源合作的结果。合并企业与被合并企业处于“友好”关系中。双方平等自愿协商的结果，合并双方表面上也呈“友好”关系状态。在企业兼并中，兼并者与被兼并的目标企业的关系就不尽一样。当被兼并的管理层对收购响应并积极配合时，兼并就成“友好”兼并性质。当被兼并企业管理层拒绝、阻碍收购时，收购就呈“敌意”兼并性质。
六、控制程度不同
企业合并中，被并公司完全并入存续企业或新设企业，后者取得被并企业的全部财产、权利义务，被并企业作为存续企业、新设企业的一部分而完全受其控制。