1.细菌培养:将胃粘膜活检标本做微需氧环境下培养，如培养出幽门螺杆菌即可诊断为幽门螺杆菌感染。因其特异性高达100%，常被视为幽门螺杆菌感染诊断的”金标准”。可用于验证其它诊断性实验，亦可用于药敏试验、细菌分型、致病基因的研究等。但它是幽门螺杆菌诊断试验中技术要求最高的一种方法，需要经费、时间和人力均较多，因此限制了其临床使用，主要用于科学研究。还应注意，胃粘膜组织中细菌量过少，细菌繁殖能力差等因素可能会影响幽门螺杆菌的培养而导致假阴性。
2. 快速尿素酶试验(RUT)幽门螺杆菌产生的尿素酶，可分解尿素产生NH3和CO2，NH3的产生可使pH值升高，胃粘膜组织呈碱性，据此原理可通过加入pH指示剂通过颜色的改变判断有无幽门螺杆菌感染存在。目前已有多种尿素酶试剂盒或试纸可供临床使用，因其操作简便、费用低、省时，成为侵入性检测方法的首选。快速尿素酶试验己有许多方法的改进，如应用化学发光pH指示剂，使结果出现更快。在内镜检查时使用幽门螺杆菌敏感化学感受检测器，需时仅1min。采用定标的快速尿素酶试验，可测定幽门螺杆菌定植密度，根据黄、绿、淡蓝反应，可对结果进行分级。
3. 胃粘膜组织切片染色镜检:将胃粘膜活检组织标本固定、脱水后常规石腊包埋、切片染色、镜下观察，根据幽门螺杆菌的形态学特征进行检测和分折，可以直接观察胃粘膜表面定植的幽门螺杆菌。其染色方法有W-S银染、改良Giemsa染色、甲苯胺蓝染色、免疫组化染色等。因染色方法的不同，各有不同的特点，其中免疫组化染色是一个高敏感和特异的染色方法，它是组织学检测的“金标准”。
4.胃粘膜直接涂片染色镜检:即将胃粘膜组织直接涂于玻璃片，一般用Gram染色后相差显微镜下观察幽门螺螺杆菌。Piccolomini等报道了用Leifson鞭毛染色法诊断幽门螺杆菌感染，用Leifson鞣酸一品红染色法来做胃活检标本印片细菌学检查，以显示幽门螺杆菌的鞭毛，并与组织学检查、快速尿素酶试验和细菌培养等方法进行比较。Leifson染色法15分可完成，其特异性和敏感性与其它检查方法无显著性差异(P<0.05)。因比，Leifson染色法具有快速、敏感、可回顾性分析等优点，是一种非常有用的侵入性试验方法。
幽门螺旋杆菌感染的检查方法很多，主要包括细菌的直接检查、尿毒酶活性测定、免疫学检测及聚合酶链反应等方法。
细菌的直接检查
是指通过胃镜检查钳取胃粘膜（多为胃窦粘膜）作直接涂片、染色，组织切片染色及细菌培养来检测幽门螺旋杆菌。其中胃粘膜细菌培养是诊断幽门螺旋杆菌最可靠的方法，可作为验证其他诊断性试验的“金标准”，同时又能进行药敏试验，指导临床选用药物。
尿毒酶检查
因为幽门螺旋杆菌是人胃内唯一能够产生大量尿毒酶的细菌，故可通过检测尿毒酶来诊断幽门螺旋杆菌感染。尿毒酶分解胃内尿毒生成氨和二氧化碳，使尿素浓度降低、氨浓度升高。基于此原理已发展了多种检测方法：
①胃活检组织尿毒酶试验；
②呼吸试验；
③胃液尿素或尿素氮测定；
④15N-尿素试验。
1.C14呼气试验：口服胶囊，15分钟后对着试纸呼气，检测试纸。约50-60RMB。最推荐。
优点：方便、迅速。缺点：如近期服用PPI（质子泵抑制剂类药物）结果可以出现假阴性（就是说还是有感染但
检测不出）
2.抽血检查HP抗体：优点：简单。缺点：需要抽血检查。且可以出现假阳性（以前有过，治好了，血液中还是有HP抗体），假阴性（有感染，但机体未产生HP抗体）。约30-40RMB。最不推荐。
3.胃镜下取粘膜组织活检：优点：准确率最高、一般认为不受药物影响。缺点：需胃镜活检、价格高、等待时间长。500-800rmb。
4.胃镜下取粘膜组织快速尿素酶反应：优点：准确率高、检测时间短。缺点：需胃镜活检、价格相对高。300-500rmb。
