安葬于“六朝古都”南京的古代君王有孙权、司马睿、刘裕、陈霸先以及朱元璋等人。
孙权：首葬于南京的古代帝王
进入三国时期之后，曹操、孙权以及刘备各自建立政权，其中由孙权所创建的孙权政权将都城设在了南京。也就是此次定都，成功开启了南京作为“六朝古都”的首个篇章。缔造了这一历史的孙权，死后亦是葬于南京。孙权的陵墓名为“蒋陵”，位于今南京玄武区。蒋陵所在位置本来名为钟山，因与孙权祖父“孙钟”同名而被更名为“蒋山”，故而孙权之墓名为蒋陵。
司马睿：东晋首任皇帝
在西晋因“永嘉之乱”走向灭亡之后，出身宗室的司马睿于318年称帝，晋朝统治随之得到恢复。复燃的东晋政权，其势力主要集中在江左，北方则由五胡十六国所占据。偏安南方的东晋定都于南京，为此包括司马睿在内的东晋皇帝大都葬于南京城内。其中司马睿的陵墓为“建平陵”，具体位置为今江苏南京的江宁区。
刘裕：代晋自立
刘裕所创建的政权名为南朝宋，是篡晋之后所建立的一个新政权。南朝宋同东晋一样都是定都于南京，为此刘裕的陵墓也就修建在了南京。刘裕的陵墓名为“初宁陵”，位于南京麒麟门外的麒麟镇。这座陵墓因为战乱以及盗掘的缘故而损坏严重，地面上的陵冢已经不复存在。至于地宫内部的构造，因为史籍无记载，外加考古人员未对该陵墓进行发掘的原因，所以尚不可知。
陈霸先：南朝陈开国皇帝
陈霸先原本是南朝梁的朝臣，后因地位的提升而逐渐把控朝政。待557年时，陈霸先得南梁皇帝禅位，南朝陈随之建立。不过仅两年左右，陈霸先便因病逝世，之后被葬入万安陵。这座葬有陈霸先与其皇后的万安陵地处南京江宁，墓前有一对造型奇特的石兽，其中北兽似天禄，南兽形似麒麟。
朱元璋：明朝建国皇帝
朱元璋所建立的明朝，最初的都城定于南京，后来直至朱棣时期才有所变更。因为都城为南京，所以朱元璋就近在南京城内给自己挑选了一处陵墓修建地。这座陵墓便就是非常著名的“明孝陵”。这座陵墓不单单只是南京城成最具规模的帝王陵墓，它还是全中国最具规模的帝王陵墓之一。