我国政府门户网站的发展应该说整体上还处于起步阶段，即使一些搞的比较好的地区或部门的
网站建设，不仅与国外一些先进国家相比有较大的差距，而且本身也存在一些突出的问题。
1.网站定位不科学，政府网站与
电子政务发展相脱节。
问题在于没有认真思考我国电子政务发展的目标，没有将政府门户网站与电子政务发展统筹考虑，更没有思考“门户”的涵义，只是就政府网站而做政府网站。网站的定位不科学，不仅影响到政府门户网站自身的
可持续发展，更将影响到电子政务的深入应用，影响到对信息资源的利用能力。
2.“政府中心”痕迹严重，“用户中心”意识没有树立。
各级政府门户网站“政府中心”的痕迹依然很重，“以用户为中心”的意识还没有建立。许多城市政府门户网站“以政府为中心”，而不是“以用户为中心”，即从政府自身的角度出发，按照政府机构设置提供服务项目，而不是从网站的使用对象角度发出，按照用户需求提供服务项目，方便用户迅速获取所需服务。市级政府门户网站定位不合理，不仅影响到市级政府门户网站的可持续发展性，而且影响到政府信息资源的开发利用。
3.
政务公开内容狭窄。
用户需求把握不好、针对性不强是我国政府门户网站的通病。由于我国许多地区缺乏相关法规作为政务公开的依据，使得政府门户网站的政务公开内容不够深入，主要集中在基本的政务信息领域，在机构设置、领导分工、人事任免、政策法规等方面，政务公开程度相对较高，对公众最需要了解到的政府决策信息和办事类信息则远远不够。尽管已经有很大一部分政府信息已经公开，但政府内部的操作过程却往往是公众难以了解到的，市民的
知情权有待进一步提高。
4.用户针对性不强，网站服务不实用。
有相当数量的网站存在信息更新不及时、服务功能不健全、发布的信息无时效价值等现象，有的站点新闻最后的更新日期时间甚至与现实相距半年以上；许多网站只有静态内容的介绍，欠缺动态信息交流；有的网站与用户交流沟通的手段单一，信息内容范围狭窄、深度不够；还有一些部门只是把网站作为介绍部门、宣传领导的平台，存在着与部门工作联系不紧，脱离业务实际等问题。部门网站所存在的公共服务信息缺乏、应用服务水平不高、技术标准和规范脱节等现象也严重制约了门户网站的服务能力。大量的门户网站服务内容杂乱无章，超过90％的政府门户上的主要服务内容没有明确的用户指向，使得用户获取网上服务较为困难。
5.网站栏目复杂，页面布局不科学，不便于用户使用。
我国政府门户网站栏目设计普遍复杂，频道和栏目名称的含义模糊，栏目之间往往纵横交错，内容重叠。首页内容琳琅满目，两三个页面也难以呈现出全部内容，但背后却“囊中羞涩”，服务内容非常贫瘠。
6.门户网站与部门网站内容整合度差，二者相互脱节。
许多政府门户网站内容匮乏和信息更新慢，根源在于门户网站与部门网站之间的脱节。很多门户网站的内容来自于维护人员逐一去各部门网站搜寻，经常出现内容缺失和更新不及时情况，门户与部门网站之间并没有形成有效的协同机制，各部门信息资源无法得到有效整合。也就是说，这些政府门户网站并没有发挥“门户”的作用。从信息公开和信息发布总体情况来看，政府网站与政府部门业务脱节，所发布的政务信息权威性、
时效性、专业性较差。
此外，还存在一些其他问题，例如我国城市政府门户网站已经基本实现了稳定的更新和反馈，但在其他服务中表现出反馈周期很长，甚至令人难以忍受；尽管多数城市政府门户网站已经认识到了电子政府的不同客户群，并具有了简单的用户分类机制，但其实际提供的个性化服务内容却并不见多；我国城市政府门户网站对于安全性的实现并没有给予充分的认识，难以为私人信息和操作过程提供足够的技术保障和法律支持；绝大多数城市政府门户网站仅仅具有单一的语言版本（中文），国际化程度很低；等等。