1、综合协调局机关政务、党务工作，管理局机关行政事务；
2、负责文秘、会务、机要、档案、保密等工作；
3、负责局机关政务公开、新闻发布、来信来访、安全保卫、信息化建设等工作；
4、负责督查、督办工作和人大建议、政协提案办理工作；
5、负责卫生年鉴的编辑出版工作；
6、组织指导卫生方面的对外合作和卫生援外有关工作；
7、负责局直属单位人员出国（境）审查以及外籍人员来访考察的审查、报批工作。 1、指导规范卫生行政执法工作，拟定地方性卫生法规、规章、技术规范标准；
2、负责卫生法制宣传教育，负责机关有关规范性文件的合法性审核以及行政复议、行政应诉工作；
3、按照职责分工，负责职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理；
4、负责对职业病危害预评价报告、防护设施设计、防护设施竣工验收的审核；
5、负责公共场所、饮用水等的卫生监督管理；
6、负责传染病防治监督；
7、整顿和规范医疗服务市场，组织查处违法行为；
8、督办重大医疗卫生违法案件。 1、研究提出全市卫生事业发展规划，参与制定全市区域卫生规划；
2、编制卫生事业经费的预算、决算，管理卫生事业经费；
3、拟定卫生财务管理和后勤工作规章并监督实施，指导全市卫生基本建设，制定；
4、局属单位卫生基本建设年度计划并组织实施；
5、负责全市卫生统计信息工作；
6、研究提出卫生价格建议，协同有关部门管理和监督全市医疗卫生收费；
7、负责全市卫生财务人员、统计人员的培训和管理工作；
8、负责局机关财务管理。 （“突发公共卫生事件应急指挥中心”）
1、负责指导协调全市卫生应急工作；
2、建立与完善卫生应急监测和预警系统，制定市级卫生应急预案并组织培训和演练；
3、指导或组织实施全市突发公共卫生事件的应急处置和分析评估；
4、指导并组织实施急性传染病防控；
5、组织协调突发公共事件的紧急医疗救援；
6、组织协调重大活动（重要会议）的医疗卫生保障；
7、发布我市突发公共卫生事件应急置信息。 1、拟定南京地区重大疾病、免疫规范、慢性非传染性疾病及与公共卫生相关疾病的防治规划和措施；
2、组织对重大传染病、地方病综合防治；
3、完善疾病防控体系，防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延；
4、组织实施重大公共卫生服务项目；
5、承担市政府血吸虫病、地方病防治领导小组、市艾滋病防治工作委员会、市结核病防治工作领导小组的日常工作。 1、拟定基层卫生和妇幼卫生的政策、规划并组织实施；
2、对基层卫生与妇幼保健实施监督管理；
3、牵头组织预防和减少出生缺陷工作；
4、协助有关部门提出促进出生人口性别平衡的政策措施；
5、负责牵头基本公共卫生服务工作；
6、承担新型农村合作医疗的综合管理，拟定有关政策并组织实施；
7、指导农村卫生服务体系建设和乡村医生相关管理工作；
8、监督指导农村卫生政策的落实。 1、负责局机关和直属单位的机构编制、人事、劳动工资、职称工作；
2、负责全市执业医师资格认定工作；
3、指导全市卫生人才交流，负责指导局直属单位安全保卫工作。 1、拟定市医疗机构设置规划并组织实施；
2、组织实施医疗机构、医疗技术应用、医疗质量和服务、采供血机构管理等相关政策、规范、标准；
3、组织实施医务人员执业标准和服务规范；
4、指导医院感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等有关工作；
5、承担医疗机构医疗服务监管工作，建立医疗质量安全控制评价体系；
6、承担推进公立医院管理体制改革工作。 1、组织贯彻执行国家药物政策、基本药物制度和药品法典、法规等；
2、组织拟订全市药物政策和基本药物的有关政策、规定并组织实施；
3、组织遴选、调整全市基本药物采购目录；
4、组织开展基本药物制度实施情况的监测、评估和督查；
5、承担全市基层医疗机构基本药物采购、配送、结算、使用的组织实施和监督管理工作，参与药品集中采购工作的管理；
6、组织开展《国家基本药物临床应用指南》、《国家基本药物处方集》培训，检查督促基层医疗机构合理使用基本药物；
7、组织制定全市医疗机构药事管理相关制度、规定；
8、贯彻执行《药品管理法》、《麻醉药品和精神药品管理条例》；负责市卫生局药事委员会、麻醉药品和精神药品管理委员会的日常工作；加强特殊药品的采购、使用监管。
9、负责医疗机构药事管理和药物使用监管，规范医疗机构药学部门建设，检查督促医疗机构合理使用药物；
10．完成局交办的其它事项；
11、依据《南京市药品集中托管实施方案》的要求，组织医疗机构集中药品网上采购工作。 1、贯彻执行国家关于中医药工作的方针、政策；
2、拟定有关中医药地方性法规、规章并监督执行；
3、组织拟定和实施中医事业发展规划、计划；
4、管理全市中医专项资金；
5、拟定运用中医药防治重大疾病的规划；
6、组织实施中医管理规划和技术标准；
7、指导和管理各类中医、中西医结合医疗机构的中医工作；
8、拟定并实施中医、中药、中西医结合研究规划，组织中医（药）重大科研课题的协作攻关；
9、负责全市师承教育的管理工作。 1、研究拟定全市干部保健计划及有关管理办法并组织实施；
2、负责市干部保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作；
3、负责市干部保健委员会确定的离休干部、公务员、教育、卫生、科研、民政、4、文化、体育等事业单位职工的预防保健工作；
5、承担重要会议与重大活动的医疗保健工作；
6、负责国家领导、重要外宾在宁期间的医疗安排；
7、承担市干部保健委员会的具体工作。
食品协调处
机关党委
负责机关党群工作。
纪委、监察室
审计处
离退休干部处
改革办 1、负责全市卫生信息化发展规划、指导；
2、负责全市卫生（医疗）信息系统建设及维护；
3、负责与国家、省及有关部门的信息联通和交换；
4、为全市公共卫生突发事件应急指挥提供通讯保障；
5、负责江苏省暨南京市12320卫生咨询服务中心的建设与发展。
