医院设有分院1个和临床医技科室58个，有国家省市重点专科25个，重点实验室（研究所）16个，其中：有深圳市首个国家临床重点医学专科（骨科）、国家地方联合肿瘤基因组临床应用关键技术工程实验室、国家地方联合医学合成生物学工程实验室、国家卫生部脑卒中防治基地医院1个以及国家中医药管理局蛋白组学实验室、国家中医药管理局舌诊原理与应用重点研究室。省重点医学专科10个（骨科、神经外科、泌尿外科、血液内科、中西医结合老年病科、耳鼻喉科、康复科、肾内科、烧伤整形科、口腔科）。深圳市优势重点学（群）、重点医学专科14个（神经学科群、骨科运动医学科群、泌尿外科学科群、口腔科学科群等） 。
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