一般来说，要获得同样的制冷量，氟系统装置较小，氨系统装置大，因此氟系统耗用材料少，氨系统耗用材料多。因氟系统装置较小，所以机房建筑面积小，同比之下，氨系统装置机房就大出许多；氟系统容易实现自动控制，自动化程度可以做到很高，而且可以做得非常可靠，便于操作和管理，维护方便，维修周期长，费用低；氨系统不易实现自动化，而且自动化不可靠，不便于操作和管理，维护不方便，维修周期短，费用高；一般氨系统为单机运行，为达到主机发生故障时不影响生产，常需设置备用制冷机；氟制冷机可以实现并联运行，某一台机发生故障时其他机仍可以正常运行，保证了正常生产，不需设置备用机。氟利昂对人无毒，不燃不爆，安全可靠；氨则相反，易燃易爆，二级毒性，操作不当会引发重大事故，泄漏之后会对人员造成严重伤害，对食品造成严重污染，造成不可挽回的损失。下面从技术经济方面对两制冷系统做以下比较： 从设备投资额上比较（1） 从主机方面：氨机设备主机虽然价格便宜，但主机加工水平低，制冷系数低，获得等量的冷量将会消耗更多的电能，而且寿命低，维修率高；氟机设备现大多为国外引进技术生产，加工精细，运行效率高，可以达到标定的制冷量，能耗小，维修率低，寿命长。（2）从附属设备方面比较：氨系统所用附属设备，如油分、贮液罐、中冷等一般体积都较大，供液、回气管道比氟系统大；造成现场安装工作量大，费用高；而且国产氨阀件泄漏问题严重，难以做到自动控制；氟系统一般情况下不用油分和气分，几乎没有什么附属设备，即使采用油分、气分一般也是在机组上配置，体积较小，现场安装工作量小，费用低，可实现系统控制完全自动化；一般国内氨系统都很难做到高程度的自动控制（原因在于国内氨用自控阀件材质、加工设备及加工工艺等方面与发达国家相比还存在一定差距），而氟系统已经完全实现自动控制，而且根据用户要求，还可以实现远程通信和远程控制；实现了自动控制的氟系统与还处于较低控制水平的氨系统相比，附属设备及阀件这一块也会稍微高出一些。; 从土建投资方面比较氟系统机组一体化程度非常高，就机房设备而言，占地面积相当小，而且对机房的抗震性、机组的基础等没有特殊要求，一般建筑就能满足要求；氨制冷机组设备体积大，相对位置和高度要求严格，因而往往占地面积大，对机房的抗震性、机组的基础等有严格的要求，另外还需要满足严格的防火和排风方面的要求，机房内还需配置齐全的防毒设施等。因此，氨系统机房土建投资往往是氟系统的三到四倍I。; 从安装工期方面比较氨制冷系统设备体积大，一体化程度差，附属设备多而杂，而且对基础要求严格，施工难度大，因而安装周期较长。氟制冷系统体积小，便于安装施工，一体化程度高，而且对于基础要求也相对宽松，较易施工，因而比氨系统安装周期短。; 从运行费用方面比较氨制冷机组通常单机功率较大，虽常设有能量调节，但使用改变输气量调节能量的方式效率非常低；而整个冷却冻结加工过程中，机组有2/3的时间读处于这种运行状态之下；氟制冷机组采用并联运行时，通过单击启动或停止的方式进行能量调节，随系统负荷的变化而改变开机台数，使机组始终处于最佳运行状态，因而始终保持恒高效率运行。
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