办理港澳通行证的流程:
第一步 领取申请表
居民携带本人身份证和户口簿到当地出入境管理机关，领取一张《中国公民往来港澳地区申请审批表》，国家工作人员等要由单位出具意见。
不满14周岁的居民在办理申请时，须由父母或法定监护人陪同。
第二步 填写申请表
申请表要用蓝黑色或黑色水笔填写。申请表要填写姓名、身份证号码、家庭住址、申请种类、申请事由等内容。身份证须填写18位号码。
第三步 复印身份证、户口簿，照相
申请表内容填好后，申请人要将身份证和户口簿个人资料的复印件粘贴在申请表背面。 申请人将一张近期正面白底免冠半身、光面头像照片贴在申请表上，相片尺寸：48×33mm。服务大厅里有照相服务点。
第四步 交费
申请人根据本人所选择的签注种类先到服务大厅或出入境管理机关下的建设银行交纳个人旅游证件工本费和签注费。
收费标准
往来港澳通行证 每证100元
一次有效签注 每证20元
二次有效签注 每证40元
有效期1年以下（含）多次有效签注 每证100元
有效期1年至2年（含）多次有效签注 每证150元
有效期2年至3年（不含）多次有效签注 每证200元
有效期3年以上（含）多次有效签注 每证300元
各地略有不同，以当地出入境管理机关公布为准。
第五步 向工作人员提交资料
申请人持交费发票、已填好的申请表、身份证户口簿原件及复印件在服务台交验资料，并回答民警有关询问。完成申请手续后，民警会给你《回执》单，上面有工作电话。
第六步 取 证
按规定，往来港澳通行证自受理之日起10个工作日内办结，申请人在等证期，可以拨打《回执》单上的咨询电话询问办证的进展程度。
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适用范围：
依据《中华人民共和国往来港澳通行证签注审批、签发管理工作规范 》第一章第二条规定下列事由条件可以申请往来港澳通行证及签注。
（一） 探亲。内地居民有下列情形之一，需要往来香港或者澳门探亲的：
1、 亲属为香港或者澳门永久性居民或者非永久性居民的。
在已开办居民个人赴香港或者澳门旅游（以下简称“个人游”）地区的常住居民，可探望的亲属是：配偶、父母、子女。
在未开办“个人游”地区的常住居民，可探望的亲属还包括：（外）祖父母、（外）孙子女、同胞兄弟姐妹、叔（伯）、舅、姑、姨、侄子女、外甥（女）。
符合以上条件的内地居民，其配偶和未满16周岁的子女，可随同申请往来香港或者澳门探亲。
2、 亲属为外交部驻香港（澳门）特别行政区特派员公署、中央人民政府驻香港（澳门）特别行政区联络办公室工作人员或者解放军驻香港（澳门）特别行政区部队人员的。
（二） 商务。内地居民有下列情形之一，需要往来香港或者澳门商务的：
1、 在内地的企业或其他单位工作的内地居民，受单位派遣赴香港或者澳门从事商务等活动的。
企业是指：在国家工商管理部门登记注册，具有独立法人资格的各类企业及其分支机构、外国（地区）企业常驻代表机构。
其他单位是指：在国家主管部门登记成立，并在税务机关办理登记的事业单位；外国（地区）驻华新闻机构；外国（地区）驻华使领馆、代表处；国际组织驻华代表处；律师事务所、民办学校、民办医院。
2、 个体工商户经营者赴香港或者澳门从事商务等活动的。
3、 驾驶往返内地与港澳地区的专用交通工具的。
（三）团队旅游。内地居民参加指定旅行社组织的旅游团队赴香港或者澳门旅游的。
（四）个人旅游。经批准开办“个人游”地区的常住居民个人赴香港或者澳门旅游的。
（五） 短期居住。内地居民有下列情形之一，经香港、澳门有关部门批准，可在香港或者澳门短期居住的：
1、 持香港入境事务处签发的进入许可，赴香港就学、工作、培训、劳务或者投靠亲属的。
2、 被澳门高校录取赴澳门就学的。
3、 经澳门治安警察局核准赴澳门劳务、亲属随任的。
4、 经澳门社会文化司批准赴澳门科技、教育、文化、卫生部门工作的。
（六） 其他。有下列情形之一，需要往来香港或者澳门的：
1、 内地居民因治病、奔丧、参加诉讼、应试、个人学术交流、参加展览会等，确需往来香港、澳门的。
2、 定居国外的中国公民来内地后，需往来香港、澳门的。
3、 持附有短期居住签注通行证的内地居民进入澳门后，需往来香港的。
办证单位：
公安机关出入境管理部门
办理出国手续应注意的若干问题
一、出国事由与护照。公民因私事出国的事由是指：定居、探亲、访友、留学、就业、旅游和从事商务等其他非公务活动。虽然事由不尽相同，但是申请获得的护照却是一样的。各种事由的区别，仅仅体现在出境登记卡上的出境事由。除了出国定居的以外，其他各项出境事由一律注明“短期出境”。换句话说，“短期出境”代表了探亲、访友、留学、就业、旅游和从事商务活动等一切事由。为此，“留学护照”、“旅游护照”和“商务护照”等等的说法是不准确的。
在此顺便说一句，护照的有效期限为5年，可以延期2次，每次5年。在持用护照期间，应该随时注意护照的有效期限。即使持用过期一天的护照出境或者入境，也会被边防检查人员毫不留情地阻止出境或者入境。
二、申请办理护照的时间。申请办理护照，除因特殊紧急情况可以申请5个工作日加急手续外，其他一律为14个工作日。14个工作日，实际可能是20天左右。一些申请人由于没有提前计划，到时候又会觉得20天时间太长了或者感觉办护照太费用。其实参照下列方法，可以既方便又快捷。其一，在星期六或者中午到位于东城区安定门东大街2号的北京市公安局出入境管理处办理出入境手续。其二，在公安分县局出入境管理部门和300余个户籍派出所领取申请表及办证须知。如居住在延庆、密云等地的人员，就近领取申请表可能仅需要几十分钟，而到北京市公安局出入境管理处可能就需要几个小时，甚至一天的时间。其三，提前准备。出国旅游要求出具申请人名下4000美元等值的国际流通货币的存款证明。没有外汇存款证明，还可以参加旅行社组织的出国旅行团。所以说，有了存款或者准备了出国旅游的费用，就具备了出国旅游申请办理护照的条件。想在元旦、春节、五一和十一出国旅游，提前几个月申请，然后办签证，时间就十分充裕了，不必到时手忙脚乱的。而且错开高峰期，在申请时还可以节省排队等候的时间或者因旅行团名额所限不能成行。出国旅游如此，出国留学也可以早做准备。出国留学的必备条件之一是要有相当数额的外汇，这样就可以先办护照。因为在《录取通知书》上没有明确注明开学日期的，不能申请办理加急手续。出国留学申请办理加急的条件是“开学时间不足一个月的”。
三、照片的规格要求。在申请表上的相应位置，需要贴上一张近期直边正面免冠证件照片一张。照片应是光面相纸，背景颜色为白色或者淡兰色（着白色服装时必须是淡兰色背景）。公职人员不着制式服装，儿童不系红领巾。一次性快照、翻拍的照片或者彩色打印机打印的照片不符合规格要求。
呈交申请表后，需要持《因私出境证件申请回执》和本人身份证在接待大厅拍摄护照专用照片。为此，申请人在申请办理时，应该注意所穿的服饰和仪表。否则，还要往返换衣服或者理发。另外，在接待大厅拍摄的护照照片，不能提供给申请人。
四、填写申请表。填写申请表必须使用黑色或者蓝黑墨水，禁止使用天蓝、绿色或者红色墨水。申请表上的字迹要清楚、整洁，不准涂改。
五、外文材料的翻译。根据出国事由的不同，需要提交相应的证明材料。证明材料自签发之日起6个月有效。如是外文，必须由指定的翻译公司翻译成中文。指定的翻译公司是：北京双雄对外服务公司（地址：东城区安定门东大街3号，电话：010-64054040）、北京外文翻译服务公司（地址：东城区北新桥新太仓一巷48号，电话：010-64049368）、中国对外翻译出版公司（地址：西城区太平桥大街4号，电话：010-66168353）、国际广播电台翻译联络部（地址：西城区复兴门外大街2号，电话：010-66092931）。
六、切勿弄虚作假。根据《中华人民共和国公民出境入境管理法》及其《实施细则》的有关规定，编造情况、提供假证明、或者以行贿等手段，获取出境入境证件，将受到公安机关的处罚。处罚的种类有警告、拘留和追究刑事责任。为此，申请人在填写申请表和提交相关证明材料时，一定要实事求是，切勿弄虚作假。不要怀有侥幸心理，因为假的东西毕竟真不了。当然，手中具有某些“签字和盖章”权利的人，要珍惜自己的权利，不要因人情世故和金钱的诱惑而出具不合法的证明材料。
七、出国留学要通过合法中介机构办理。为了维护公民出入境的合法权益，公安机关配合教育部门、工商等行政管理、劳动和社会保障等部门持续不断地开展了取缔非法中介机构和打击非法中介行为的活动。但是，仍有些机构或者个人为牟取高额经济利益，非法设立出入境中介机构从事出入境中介活动，利用他人出国留学之机，高额收费或者骗取钱财。所以，出国留学的人员一定要增强法律意识和自我保护意识，通过合法的中介机构进行联系，了解承办机构是否具有经营许可营业执照、手续是否合法、收费是否合理，并与中介机构签定有效合同。这样一旦权益受到侵害，还可以通过合法途径得到补偿。万一通过非法中介办理上了当受了骗，别光是欲哭无泪，应积极向有关部门反映情况，以防止他人再重蹈覆辙。
参考资料：http://www.jiexi.org/article.asp?id=170