1、品级不同
巡抚:巡抚为从二品官,凡加兵部待郎衔者为正二品。
总督:总督在清代为地方最高级长官,正二品(若加尚书衔者为从一品),位在从二品的巡抚之上,管辖一省或多省。各省总督依例均有兼衔,雍正元年(公元1723年)规定,除授为尚书例兼都察院右都御史外,其余各省总督,俱为兵部右侍郎兼都察院右副都御史。
2、职掌不同
总督:与只掌握一省行政事务的巡抚不同,总督兼管数省,同时在政务之外也兼掌军务与经济。有直隶总督、两江总督、四川总督、闽浙总督、云贵总督、湖广总督、两广总督、东三省总督和陕甘总督。此外明清也有河道总督、漕运总督等专管某项政务的总督官职。
3、初设朝代不同
巡抚:南北朝时期就有“巡抚”之名,在南北朝时期,巡抚就已经初步具备了军事与民事这两项职能。
总督:正统六年(1441年)正月,明廷用兵麓川(今云南陇川西南),兵部尚书王骥主其事,首次以总督军务入衔。