一、领导权限不同：
主任科员职责略低于科长领导职务的正科级领导职务。
主任科员是正科级，属于非领导职务，科长是正科级领导职务，在科室里面，非领导职务受领导职务领导，即使两人级别相同，但是只有科长说的话才算。
科长，是指一般行使政府给予的职能，属于有责任的部门担任者，在中国国家公务员体系中处于9-13级。根据单位性质的不同，权利和科室的职能差距很大。在企事业单位中，科长属于中层管理干部。
二、职务性质不同：
实职正科级略高于主任科员。各省职务工资规定不同，一般同一年参加工作的正科级领导职务和非领导职务的职务工资相差30至100元不等。
三、实职和虚职不同：
科长是实职，而主任科员是虚职，实职必须有编制，而虚职不占编制，只要符合条件就正常晋职。一般情况下，副科长到科长是三年。
参考资料来源：百度百科-主任科员 （公务员职务）
参考资料来源：百度百科-科长
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