1、高速公路过路费发票，增值税按以下公式计算抵扣:
高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷(1+3%)×3%
2、政策规定:
《财政部、国家税务总局关于进一步明确全面推开营改增试点有关劳务派遣服务、收费公路通行费抵扣等政策的通知》(财税〔2016〕86号)文件规定:“二、收费公路通行费抵扣及征收政策
(1)一般纳税人支付的道路、桥、闸通行费，暂凭取得的通行费发票(不含财政票据，下同)上注明的收费金额按照下列公式计算可抵扣的进项税额:
高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷(1+3%)×3%
一级公路、二级公路、桥、闸通行费可抵扣进项税额=一级公路、二级公路、桥、闸通行费发票上注明的金额÷(1+5%)×5%
通行费，是指有关单位依法或者依规设立并收取的过路、过桥和过闸费用。
(2)一般纳税人收取试点前开工的一级公路、二级公路、桥、闸通行费，可以选择适用简易计税方法，按照5%的征收率计算缴纳增值税。
试点前开工，是指相关施工许可证注明的合同开工日期在2016年4月30日前。