1999年8月，合肥市人民政府批准将原郊区的瑶海街道划归新站综合开发试验区代管。同年11月，原瑶海街道的长淮、方庙、汪塘、胜利四个社区居民委员会调整为长淮、方庙、汪塘、胜利、临泉中路、火车站广场六个社区。2001年5月24日，进一步细化行政区划，原瑶海街道被分为方庙和瑶海两个街道办事处，长淮街道管辖胜利和长淮社区，方庙街道则负责汪塘和方庙社区。
2001年9月24日，市政府批准将原瑶海街道的四个社区进一步拆分为六个。同年11月27日，对临泉中路和火车站广场社区进行了调整。2003年3月，新站试验区迎来了规模扩张，原瑶海区的七里塘镇（现为七里塘街道）被划归，使试验区的面积增至34平方公里。
2004年1月，管委会通过方庙街道社区设置方案，增设了安徽大市场和万绿园社区，同时将方庙社区更名为瑶东社区。同年，试验区与瑶海区政府进行协议，从2005年4月1日起，车站街道的三角线和红星社区移交给新站试验区管理。长淮街道的赵仓坊居民组也计划在年底转交给瑶海区车站街道管理。
2005年6月1日，经省政府和民政厅的批准，七里塘镇正式更名为七里塘街道办事处，7月8日正式挂牌，标志着行政区划的进一步完善和新站试验区管理范围的明确。
合肥新站综合开发试验区起源于合肥新火车站的建设，其前身是合肥新火车站工程建设区，地处合肥市东北部，距市区1.8公里。合肥新火车站早在1978年纳入国务院批准的合肥市城市总体规划，1989年国家计委正式批准立项，1992年动工建设。1995年4月，新火车站建设区被安徽省人民政府批准为省级开发区，冠名合肥新站综合开发试验区。1996年2月，新站试验区被国家建设部批准为全国首家城市综合开发试点区。现辖长淮、方庙、七里塘等3个街道20个社居委，常住人口12万人，面积34平方公里，占合肥市国土面积的4%。