1、申报方式不同：
申报双抬头报关单，需要用特定的材料和文件，主要是代理协议，单抬头报关单同样有其对应的文件，两者不同。
2、抵扣税不同：
对于单抬头申报，海关在出具关税和增值税发票时也是单抬头，实际是双台头但报关却是单台头，则只有经营单位才能拿这个税单去抵扣，收货人就没法用了。双抬头报关则没有这一缺陷，二者皆可用。
扩展资料：
申报
出口货物的发货人在根据出口合同的规定，按时、按质、按量备齐出口货物后，即应当向运输公司办理租船订舱手续，准备向海关办理报关手续，或委托专业（代理） 报关公司办理报关手续。
需要委托专业或代理报关企业向海关办理申报手续的企业，在货物出口之前，应在出口口岸就近向专业报关企业或代理报关企业办理委托报关手续。接受委托的专业报关企业或代理报关企业要向委托单位收取正式的报关委托书，报关委托书以海关要求的格式为准。
准备好报关用的单证是保证出口货物顺利通关的基础。一般情况下，报关应备单证除出口货物报关单外，主要包括：托运单（即下货纸）、发票一份、贸易合同一份、出口收汇核销单及海关监管条件所涉及的各类证件。
申报应注意的问题：报关时限：报关时限是指货物运到口岸后，法律规定发货人或其代理人向海关报关的时间限制。出口货物的报关时限限为装货的24小时以前。不需要征税费、查验的货物，自接受申报起1日内办结通关手续。
参考资料来源：百度百科-双抬头
参考资料来源：百度百科-报关
报关单抬头和双抬头主要有三种区别：
1.抵税效果有区别：
对于单抬头申报，海关在出具关税和增值税发票时也是单抬头，实际是双台头但报关却是单台头，则只有经营单位才能拿这个税单去抵扣，收货人就没法用了。双抬头报关则没有这一缺陷，二者皆可用。
2.申报方式有区别：
申报双抬头报关单，需要用特定的材料和文件，主要是代理协议，单抬头报关单同样有其对应的文件，两者不同。
3.填写内容有区别：
双抬头报关单在填写收发货人时填写的是经营单位，填写消费使用单位则要填写实际买方公司名称，单报关则只用填写经营单位名称。
本回答被网友采纳如果是代理进口，那么凭代理合同，在报关时可以申报双抬头发票；如果没有这样处理，那么报关时直接申请实际缴税，且需要发票做账的一方作为发票的抬头单位。本回答被提问者和网友采纳