国家海上搜救应急预案中，构建了一个高效、协调的应急组织指挥体系，主要包括以下几个部分：
首先，应急领导机构由国家海上搜救部际联席会议构成，该会议负责研究和决定海上搜救的重要事务，指导全国范围内的应急反应工作。中国海上搜救中心设在交通部，作为实际的指挥工作机构，负责日常运作并管理海上搜救活动。
各部门在应急反应中各司其职，如交通部下属的海上搜救中心，以及部际联席会议的其他成员，根据各自领域专业知识，参与应急反应、抢险救灾、支持保障和善后处理等工作。
运行管理机构由中国海上搜救中心主导，确保海上搜救的日常管理有序进行。此外，还有专门的咨询机构，如搜救专家组，由各行业专家组成，为海上搜救提供技术支持和咨询建议。其他相关咨询机构则根据需求提供专业意见。
在省级层面，由政府领导主导的省级海上搜救机构负责本地区海上应急组织的指挥工作。在必要时，可设立搜救分支机构，根据省级机构的指示执行任务。现场指挥员则由应急指挥机构指定，负责现场协调和执行应急指令。
海上应急救助力量包括政府投资的专业救助力量、军队和武警力量，以及政府部门的公务救助力量，以及民间的民用船舶、航空器、企事业单位、社会团体和个人的资源。这些力量需服从应急指挥机构的统一协调和指挥，参与海上应急行动。
建立国家海上搜救应急反应机制，迅速、有序、高效地组织海上突发事件的应急反应行动，救助遇险人员，控制海上突发事件扩展，最大程度地减少海上突发事件造成的人员伤亡和财产损失。